三亚湾壮实鹿角珊瑚组织内共附生固氮菌多样性分析.pdfVIP

2013 年 第 58 卷 第 17 期： 1596 ~ 1603 《中国科学》杂志社 专题: 南海珊瑚生物学与珊瑚礁生态学 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 三亚湾壮实鹿角珊瑚组织内共附生固氮菌多样性分析 ①②③ ①② ①②* ①②③ ①④ ① ① 陈蕾 , 张燕英 , 董俊德 , 凌娟 , 潘虎 , 张偲 , 龙丽娟 ① 中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点实验室, 广州 510301; ② 中国科学院南海海洋研究所海南热带海洋生物实验站, 三亚 572000; ③ 中国科学院研究生院, 北京 100049; ④ 湖南农业大学生物科学技术学院, 长沙 410128 * 联系人, E-mail: dongjunde@ 2012-04-20 收稿, 2012-05-17 接受, 2012-08-02 网络版发表 国家科技支撑计划(2009BAB44B03)、国家高技术研究发展计划(2012AA092104)、国家自然科学基金 和中国科学院 知识创新工程重要方向性项目(KSCX2-EW-G-12) 摘要 以海南省三亚鹿回头珊瑚礁自然保护区中一种常见的壮实鹿角珊瑚(Acropora 关键词 robusta)为研究对象, 用PCR-RFLP 方法研究其组织内共附生固氮微生物固氮酶nifH 基因的 壮实鹿角珊瑚 多样性; 用Taq Ⅰ和Hinf Ⅰ这两种限制性内切酶对所获得的196 个阳性克隆子进行RFLP 分 固氮菌 析, 得到24 个不同的OTUs (operational taxonomic units), 文库覆盖率为87.65%. 利用Clustal 固氮酶基因nifH PCR-RFLP W 与Mega 软件对nifH 基因构建的系统进化树聚成了3 大类: 变形菌门(Proteobacteria)、厚 多样性 壁菌门(Firmicutes)和绿菌门(Choloria), 大部分的文库序列(70.83%)与变形菌门的α亚簇和β 亚簇具有较高的相似性, 其中α-变形菌簇占66.67%, 是本文库中的优势种; 次优势类群为厚 壁菌门, 占整个文库OTUs 的16.67%; 绿菌门仅占 12.5%. 此外, 在这株珊瑚样本中获得的 24 个克隆子中有13 条nifH 基因序列与它们最相近序列的相似性小于97%. 综上结果表明该 壮实鹿角珊瑚组织内的共生固氮菌的具有较高的多样性, 而且还可能含有大量未被培养的 新的固氮基因. 造礁石珊瑚主要生活在氮素缺乏的寡营养热带 有机氮源氨, 不仅为珊瑚共附生体利用[6], 而且还可 [10] 海域, 珊瑚虫直接从周围海水或捕获的食物中获取 为整个珊瑚礁生态系统提供约6%的有机氮素 . 的有机氮源非常有限[1,2]. 然而珊瑚礁生态系统作为 由于珊瑚虫生活于清澈温暖的寡营养海域, 其 海洋4 大高效的生态系统之一, 具有极高的生物量和 独特的生态环境决定了珊瑚共附生固氮菌也将不同 丰富的生物多样性[2], 因此珊瑚礁生态系统这种不但 于其他生态系统中的固氮菌. 我国珊瑚微生物学研 能维持自身氮素需求还能满足栖居海洋生物氮素需 究还处于初级阶段,