4种大戟科植物Lhca基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析.pdfVIP

第34卷 第 10期 中 南 林 业 科 技 大 学 学 报 Vol_34 No．10 2014年 10月 JournalofCentralSouthUniversityofForestry Technology Oct．2014 4种大戟科植物Lhca基因家族的全基因组鉴定 分类与进化分析 邹 智，杨礼富，安 锋，林位夫 (中国热带农业科学院橡胶研究所 ／农业部儋州热带作物科学观测实验站，海南 儋州571737) 摘 要：LHCI是植物光系统I(PSI)中与色素分子结合的一系列膜蛋白，由Lhca基因家族编码，主要参与光 能的捕获与传递。虽然Lhca基因家族已在拟南芥、水稻、杨树等模式植物中得到了系统鉴定，但在以高光效和 高生物量著称的大戟科植物中，至今还未见Lhca类基因的报道。研究基于蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树等4种 大戟科植物已公布的基因组和EST数据对Lhca基因家族进行全面鉴定，并分析了其基因结构、生化特性及进 化关系。结果表明，蓖麻、麻风树、木薯和橡胶树分别含有 6、6、9和9个Lhca基因，分属于Lhcal、Lhca2、 Lhca3、Lhca4、Lhca5和Lhca6等6个亚家族，每个亚家族含有 1~2个成员不等，基因的内含子数 目在2—5个之间， 部分基因还存在可变剪接形式。进化分析显示，Lhcal和Lhca3亚族具有较早的起源，Lhca2和Lhca6存在于陆 生生物中，Lhca4和Lhca5则只存在于高等植物中；在木薯和橡胶树中，Lhcal、Lhca2和Lhca4亚族都出现 了 基因的扩增。 关键词：大戟科植物；全基因组；Lhca基因家族：鉴定；进化分析 中图分类号：$759．95 文献标志码：A 文章编号：1673．923X(2014)10．0056．05 Genome—wideidentification，classificationandphylogeneticanalysisof LhcagenefamilyinfourEuphorbiaceaeplants ZOU Zhi，YANG Li-fu，AN Feng，LINWei-Fu (DanzhouInvestigationExperimentStationofTropicalCrops，MinistryofAgriculture／RubberResearchInstitute(RRI)，Chinese AcademyofTropicalAgriculturalSciences(CATAS)，Danzhou571737，Hainan，China) Abstract：TheLhcagenefamilyingreenplantsencodesseverallight-harvestingchlorophyllab／-binding(LHC)protenisthatcollectand transferlightenergytothereactioncentersofphotosystemIrPSI)．Alhtoughhtisgenefamilyiswelldocumentedinmodelplnatssuch raabidopsis，riceandpoplar,littleinformmionisavailableinEuphorbiaceaeplnatswhichraechraacterizedwithhighphotosynthesis na dhig【hbiomass．Inthisstudy,agenome-wideserachwascarriedouttoidentifyLhcagenesinfourgenomesequencedEuphorbiaceae plna ts．Asaresult，anumbre of6，6，9na d9Lhcage