Quantity One施用教程大全(转贴).doc

Quantity One施用教程大全（转贴） 1 - 内容简介 　　凝胶电泳是每个做份子有生命的物质学的同窗天天都要打交道的基本技术。电泳然后的信息处理与电泳本身同样重要。今朝有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如BandScan、BandLeader、Sigma Gel等等。今日要向大家介绍的是来自Bio-Rad的1D凝胶定量软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的主页不收费下载。今朝的最新版本是4.52版 　　2 - Quantity One的定量方法 　　Quantity One的分析功能顾名思义首要用来举行凝胶或培养皿的荧光定量分析。它的分析功能或说分析方式首要有4种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；份子量测定 　　-------------------------------------------------- --------------------------------------------------- ------- 　　这三种方法中施用最为利便也是最为广泛的应该是等高线定量法（Volumn Contour）。它经由过程半AUTO描绘电泳条带的等高线边沿来得到等高线区域内部平面或物体表面的大，再将该平面或物体表面的大乘以区域内平均光疏密程度值当到条带内部总的信号量。固然这种分析方法的蠹弊显而易见：无法同等得排除不同泳道的配景亮度；等高线的绘制处于“半AUTO”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边沿；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时辰几乎无法绘制纯一条带的轮廓（常出现持续的几个条带等高线相连而无法分离出独自条带的轮廓）。 　　三种方法中个人感觉最为科学和严谨的应该是泳道/条带轨迹定量法（Trace Tracking）。这种方法施用起来步调较为繁琐，必需经由过程泳道识别---电泳条带识别两个持续的步调才气举行定量。然而这种方式的最大长处在于它可以纯粹丢弃人为主观因素举行全AUTO定量。他的定量方式为：首先根据不同电泳条带的光疏密程度值绘制光疏密程度曲线，然后计算光疏密程度曲线下平面或物体表面的大作为电泳条带的定量根据。大家可能会问他能不能排除泳道配景？谜底是必定的，它能够最大程度的排除不同泳道之间的配景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎不异的开始跑线上举行相比较。这个配景排除功能是等高线法无法做到的（等高线法也有基本的配景排除措施，但是和泳道/条带轨迹定量法的配景排除不是一个等级的。等高线法只能排除同一泳道上的配景，而不能均等的排除不同泳道的配景）。另外泳道/条带轨迹定量法还可以联合Gauss Model Bands对紧密相连的电泳条带举行分析，而这种条带也是等高线法无法分析的。我们这次重点学习这个方法。 　　第三个分析功能是菌落计数（Colony Counting）。这个功能其实很实用，可以分析蓝白筛选的结果。但是很奇怪My computer居然无法运行这个功能， 因此无法向大家介绍了。 　　另外Quantity One还可以经由过程回归曲线测定份子量。 　　下面让我们了解一下Quantity One经常使用的基本菜谱操作。 　　-------------------------------------------------- --------------------------------------------------- ------- 　　打开文件：由于Quantity One是Bio-Rad的硬件组成一套软件，因此Quantity One可以AUTO输入来自Bio-Rad公司的凝胶分析仪的数据。具体支持哪些硬件大家可以在“Edit-Preference-Imagers”里面设置。如果您的实验室没有接纳Bio-Rad的硬件设施也没瓜葛。您只要将电泳图片用ACDSee等程序转换为TIF图片格式就能够被Quantity One识别了。注重Quantity One只支持8位和16位灰度的TIF文件。 　　Quantity One彷佛有一个小bug，就是在按“Open”然后并没有立刻弹出资源管理器让你选择方针文件的位置。其实你只要将鼠标在荧幕右下方点击一下，资源管理器就会乖乖弹出来了. 　　Quantity One只能分析白的颜色配景 玄色条带的电泳图。而我们正常环境下得到的一般都是玄色配景 白的颜色条带的电泳图。我们可以在“Image-Invert data中将图片颜色举行反转，然后即可以用Quantity One举行分析了. 　　文字注解：Quantity One提供基本的文字注解功能。您可以在您的电