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生物技术通报
·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011年第12期
基于 EST 和 GSS 序列的玉米未知微 RNA 的数据挖掘
李婧 熊莉丽 胡久梅 郭志云
（西南交通大学生命科学与工程学院，成都 610031）
摘 要: miRNAs 通过与靶基因互补位点配对结合，在转录后水平负性调控靶基因的表达。根据 miRNA 进化上的保守性，
以拟南芥、水稻等已知的植物 miRNAs 为探针，与相关数据库中玉米表达序列标签（EST ）和基因组序列（GSS ）中的非编码序列
比对，采用一系列的标准进行筛选，最后预测得到 24 个玉米 miRNA 前体，通过靶基因的预测共得到 61 个靶基因。通过生物信息
学方法大大提高了人们发现 miRNAs 及其靶基因的效率，补充了玉米 miRNA 数据库的不足。
关键词: MicroRNA 玉米 EST GSS 靶基因
Based on EST and GSS Sequences to Predict Maize s Novel MicroRNAs
Li Jing Xiong Lili Hu Jiumei Guo Zhiyun
（School of Life Science and Engineering ，Southwest Jiaotong University ， Chengdu 610031 ）
Abstract: We used previously deposited miRNA sequences from Arabidopsis ， rice， and other plant species to blast the databases of
maize expressed sequence tags and genomic survey sequence that do not correspond to protein coding genes. Following the filtering with a
combination of stringent criteria，24 potential miRNAs were detected in maize， and a total of 61 target genes were found through target gene
forecast.By bioinformatics methods we can improve the efficiency of miRNA found and its target genes，and add information to maizes miRNA
database.
Key words: MicroRNA Maize EST GSS Target gene
微 RNA（microRNA，简称 miRNA）是 20 世纪 织特异性表达时，克隆方法难以克隆出这些新的
90 年代，Lee 等 [1] 利用遗传筛选的方法发现的一类 microRNAs。因此，针对 microRNA 具有某些独特的
内源性的小分子非编码 RNA，它们长度约为 22 nt， 共性，生物信息学方法逐渐发展成为一种有效的鉴
广泛存在于真核细胞 内。miRNAs 通过与靶基因互 定 microRNA 及靶基因的方法，弥补了试验法的一
补位点配对结合，在转录后水平负调控靶基因的表
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