番茄青枯雷尔氏菌致病力分化的全基因组解说.doc

番茄青枯雷尔氏菌致病力分化的全基因组分析 Whole-Genome Analysis of Tomato Ralstonia Solanacearum Pathogenicity Differentiation 摘要 青枯雷尔氏菌（Ralstonia solanacearum）是一种生长在土壤中的植物病原细菌，可在300多种单双子叶植物中引起毁灭性的细菌性青枯病，对植物的危害极大。青枯雷尔氏菌菌株存在着致病力分化的现象，无致病力菌株可侵染寄主植物却不引起寄主发病。目前国际上，尚未见无致病力青枯雷尔氏菌基因组测序的相关报道，通过本项目研究，获得青枯雷尔氏菌无致病力菌株和强致病力菌株的基因组，为青枯雷尔氏菌致病力分化研究奠定基础。 本文分别对青枯雷尔氏菌和进行Solexa测序利用Velvet进行e novo拼接，个框架序列个框架序列91和FJAT-1458的基因组规模分别为5. Mb和5.Mb；GC含量均为66%左右。 数据量和覆盖率，共检测到SNP。 通过Prodigal预测基因共获得6556个FJAT-91基因，7060个FJAT-1458基因，其中部分基因未达到全长；基因密度均为79%左右。通过IMG和Swiss-prot对预测基因进行同源注释。 将新测序的FJAT-91和FJAT-1458，同已测序完成的青枯雷尔氏菌GMI1000、PSI07、CFBP2957、CMR15、MolK2和IPO1609进行比较基因组学分析。青枯雷尔氏菌泛基因组共有？？个基因（unigene）组成；其中？？个基因在8个菌株中都存在，构成了青枯雷尔氏菌的核心基因组，占了泛基因组的？？%；此外，在无致病力菌株FJAT-1458中共有？？个特异获得基因、？？个特异丢失基因，在强致病力菌株FJAT-91中，共有？？特异获得基因，？？个特异丢失基因。 ANI进化分歧 组成成分的差异 关键词：青枯雷尔氏菌，全基因组Solexa测序，de novo拼接，致病力分化 1 前言 青枯雷尔氏菌（Ralstonia solanacearum）引起的细菌性青枯病（Bacterial wilt）是危害最大、分布最广且造成损失最为严重的植物病害之一（Tsuchiya et al., 2005）。青枯雷尔氏菌主要分布在热带、亚热带和温带地区，环境适应能力强；其寄主中有木本植物和草本植物，一年生植物和多年生植物，双子叶植物和单子叶植物（Janse, 2005），对茄科植物如番茄、辣椒、茄子、烟草、马铃薯的危害尤为严重，成为生产的主要障碍之一（Yang et al., 2006），该菌亦可危害花生、香蕉、甘薯、生姜、桉树等植物（Sood, 2005），寄主范围达到44个科的300多种植物（Alvarez, 2005）。因其侵染性强，寄主范围大，地域分布广，在水中和土壤环境中的生存能力强，青枯雷尔氏菌被认为是世界上危害最大植物病原菌之一（Genin, 2010），美国在“911”之后一度将其列在十大农业恐怖微生物之首，多年来一直是相关学科的研究热点。 青枯雷尔氏菌表现出高度的种下分化的多态性，可按生理小种（Carmeille et al., 2006）、生化型（Stefani et al., 2005）、血清型、基因型、致病型等指标进行种下分类（Thurston, 2001）。青枯雷尔氏菌的致病力分化极为显著的，自然环境中就存在强致病力、无致病力以及介于其中的过渡菌株。强致病力菌株侵入寄主植物并导致寄主发病，无致病力菌株可侵染寄主植物却不引起寄主发病（Balabel et al., 2005）。现有研究表明，无致病力菌株无法自然恢复为强致病力菌株（Robertson et al., 2004），而强致病力菌株却会自然丧失致病性，弱化形成无致病力菌株，致病力丧失的原因可能是营养条件和极端气候引起的基因突变（Kanda et al., 2003）。 青枯雷尔氏菌存在的复杂多态性是其内部基因组的复杂性的体现，青枯雷尔氏菌能自然发生基因重组（Salanoubat et al., 2002），也存在从环境中获得遗传物质的水平基因转移（Guidot et al., 2009），模式菌株GMI1000中16%的基因可能来自于水平转移（Nakamura et al., 2004），这些都是青枯雷尔氏菌的菌种复杂性的原因（Coupat et al., 2008）。青枯雷尔氏菌的种内差异甚至让人怀疑这些菌株是否还应该属于一个物种。 2004年，强致病力的标准菌株GMI1000的基因组全序列被测序并发表（Nakamura et al., 2004），迄今共有6个公开的强致病力菌株基因组序列（Remenant et al., 2010），其中包含4个完成图，2个草图。通过对这些基因组的分析表明，青枯雷