生物化学与分子生物学知识点总汇-考试必备 (期末复习资料）.doc

第一章 蛋白质结构的基本组件 1按侧链（R）基团的结构不同：脂肪族gly ala val lue ile芳香族：Phe,Trp,Tyr 杂环族:His,Pro 2按侧链（R）基团的极性性质不同：带正电荷（碱性氨基酸）带负电荷（酸性氨基酸）asp glu asn gln (1) 疏水氨基酸包括Ala, Val, Leu, Ile, Met, Pro,Phe和Trp(8)。(2) 极性氨基酸包括Gly,Ser, Thr, Asn, Gln, Cys和Tyr (7) 。(3) 荷电氨基酸包括Asp, Glu, Arg ，His和Lys(5)。 4构型：原子在空间的相对分布或排列称为分子的构型。[ 当一种构型改变为另一种构型时必须有共价键的断裂和重新形成。这种异构体在化学上可以分离，但不能通过简单的单键旋转相互转换] 5构象:是组成分子的原子或基团绕单键旋转而形成的不同空间排布。[一种构象转变为另一种构象不要求有共价键的断裂和重新形成，在化学上难于区分和分离的] 6 优势构象与旋转异构体 任何除Gly以外的氨基酸侧链中的组成基团都可以绕着其间的C-C单键旋转，从而产生各种不同的构象。在化学上有一个一般的原则，对二个四面体配位的碳原子，“交错构象” 是能量上最有利的排布，在这种构象中，一个碳原子的取代基正好处于另一个碳原子的二个取代基之间。侧链中的每一个这种C原子，都有三种交错构象，它们彼此以120(旋转相关。 7旋转异构体（rotamer）对已精确测定的蛋白质结构的分析显示，大多数氨基酸残基的侧链都有一种或少数几种交错构象作为优势构象最经常出现在天然蛋白质中，称为旋转异构体（rotamer）。 8肽键:一个氨基酸的羧基与下一个氨基酸的氨基经缩合反应形成的共价连接称为肽键。【一种酰胺键，稳定性较高,局部双键的性质，其键长仅1.33?（1?=10-8 cm），比一般的C-N单键（1.45?）短。因此肽键不能旋转，具有反式（trαns）和顺式（cis）二种构型：肽键的特点是氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共轭作用。组成肽键的原子处于同一平面。】 9氨基酸残基Amino acid residue：肽链中的氨基酸在形成肽链时彼此缩合失去一分子水，已不是原来完整的氨基酸分子。 10脯氨酸由于其特殊结构，由它的氨端形成的顺式肽键与反式肽键比较,能量降低为1:4。因此，脯氨酸反式肽键在天然蛋白质中很少出现，有人对已测定的部分高分辨率蛋白质结构作过分析，发现其出现频率仅0.05%，大多位于结构或活性重要部位。 11肽单位（peptide unit） ：肽链中的酰胺基称为肽单位。肽单位不能旋转。 肽平面（ peptide plane）组成肽单位的4个原子和2个相邻的Cα原子共处一个平面，称为肽平面。肽平面可以旋转。有序连接的肽平面就是多肽链的主链。故从结构上看，肽平面和侧链基团是蛋白质分子的基本建筑模块。 12多肽链的构象*肽单位在多肽链中被Cα原子上的二个共价单键Cα-C’（C’为羰基中的C原子）和N-Cα连接，由于肽单位是不能旋转的刚性平面基团，因此肽单位绕着这二个单键的旋转就是蛋白质分子主链的仅有自由度。*肽单位绕单键N-Cα 旋转形成的位置用φ角描述，绕单键Cα-C形成的位置用ψ角描述。因此，一个蛋白质分子的主链构象就可以用其所有组成氨基酸的一套(φ, ψ) 角度值来定量表征。*这一定量表述方法是基于立体化学中常用的扭角（torsion angle）或双面角（dihedral angle）系统。 （1）扭角（双面角） 扭角的定义及量值规定如下：由4个原子（或基团）组成的系统投影在与Ｂ－Ｃ键正交的平面上，A－Ｂ键投影与Ｃ－Ｄ键投影之间的夹角称为扭角。这角度也可视为A-B-C决定的平面与B-C-D决定的平面间的夹角，故也称为双面角。 (2) 多肽链的构象角 在多肽链中，绕共价单键N-Cα形成的扭角称为φ角，绕单键Cα-C’形成的扭角称为ψ角。一个氨基酸残基i的特定构象可由一对(φi,ψi)来规定，它们各包含的四原子体系如下:φi (C’i-1, Ni, Cαi, C’i) ψi (Ni, Cαi, C’i, Ni+1)其中，第二、三位原子间的共价键就是旋转的中心键。【侧链的构象也可以用它的构象角（ci）来规定，它的中心旋转键是侧链中的共价单键。所以，运用构象角可以将包括主链、侧链在内的整个蛋白质分子的特定构象定量地表征出来】 14拉氏构象图（Ramachandran）：印度学者Ramachandran及其同事根据原子的范德华半径确定了非键合原子之间的最小接触距离，并根据非键合原子之间的最小接触距离，确定哪些成对二面角所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并在φ（横坐标）对ψ（纵坐标）所作的φ-ψ图中标出，此图称为