不同营养水平湖泊中小真核生物的遗传多样性1详解.doc

不同营养水平湖泊中小真核生物的遗传多样性 细胞直径小于5um的小真核生物是湖泊浮游生物系统的基本组成成分。在这篇论文中，小真核生物的多样性是由18s RNA的基因序列克隆决定的；这些小真核生物来自France Massif Central不同营养水平湖泊的文库，分别是寡营养湖Godivelle,中等营养湖Pavin,以及富营养湖Aydat.分析显示多样性最小的文库是富营养化湖（12 OTUs ）,多样性最大的是中等营养湖（26 OTUs）.样品数据中，某些种群至少呈现两个生态系统，而其他的则精确到一个湖泊。隐藻门、金藻纲、严格营养真核生物、纤毛亚纲和真菌在这三个文库中都有发现。只在两个湖泊发现的小真核生物中，领鞭虫目和自然序列（LKM11）在富营养化系统中没有发现，然而丝足虫类却局限于中度营养和富营养化的湖泊中。与Perkinsozoa联系的3OTUs只在Aydat文库中被发现，它们克隆了文库的60%。绿藻类和定鞭藻类呈现单拷贝形式并且分别存在于Godivelle和Pavin。从这120个克隆体研究得出：不管文库的起源如何，传统的有色有机体（自养生物和兼养微生物）只占有比较低的比率。这篇论文表明小真核生物群落的构成也许会因营养水平的功能而不同；某些世系也许只能在单一生态系统中发现。 在地球上，微微型真核藻类的数量也许是最大的。它们在所有的湖泊和海洋中都存在，密度从102到104cell/ml(8,32)。它们是微生物食物网的基本组成成分，并且在地质化学循环（5，8，50）中扮演重要角色。 用光学显微镜简单的观察很难描绘这些有机体的特征，并且，不是所有有机体能通过培养的方法生长。除了培养，自然生长的生物可以用来研究，通过层析法，高密度液体层析和气体层析（4，44）。色素和/或脂肪酸分析可提供一些关于光养的和/或异养性质的浮游个体的结构和动态信息，但是通过这些方法提供系统的信息是有局限的。 在过去的十几年中，在研究微生物生态中采用分子技术使我们识别最小的水生生物尤其是原核生物的知识大大增加。包括至少13种新的分类被编目，和某些种群，比如SAR11，被呈现是海洋浮游细菌的重要成分（21，25）。新的不能培养的古细菌世系也被认识了（13，20）。 尽管分子技术功能强大，但是这些技术在微小真核生物上的应用还远不如原核生物广泛。通过基因克隆和rRNA基因序列分析，最近的一些研究分析了取自不同海洋生态系统的小真核生物（3or5）的多样性并且显示出系统发育的高度多样性（15,34,39）。Moon-van der Staay et al.认为各种各样的世系也许是附属于光和作用一族的（39）。他们检索到的序列不能清楚地确定是任何已知的有机物。Lopez-Garcia et al.完成了深入的关于南极水的研究（34），在那种被认为是不适合居住的条件下，存在许多新的世系隶属于非光和作用种群包括两种新的截然不同的蜂窝状的种群，这些代表了65%～76%被分析过的克隆体。根据Moon-van der Staay et al.（39）的研究，对于地中海、北大西洋和南极地带水体表面微微真核生物多样性的分析证明了光和的和异养的世系的存在。大部分的克隆属于新的世系，包括新的原生藻菌和新的蜂窝状生物。 在此应该强调这些关于微小水生真核生物多样性的研究是在海洋生态系统中执行的。因此，关于湖泊系统中浮游生物群落的多样性被了解的很少，尽管大量的有色有机体参与了初级产物的组成（1，51）和无色细胞通常被认为是原核和真核吃草动物的细胞。这些有机体能够用可溶解有机物直接通过吞噬的过程。 在这篇文章中，小真核生物（0.2—5um）多样性的考察是通过克隆和序列分析三个不同营养水平（寡营养化、中等营养化和富营养化）湖泊中真核生物的rRNA。这篇文章的主旨是决定（ⅰ）湖泊系统小真核生物的结构和（ⅱ）小真核生物群落的组成是否取决于系统的生产力。正如我们所知，这是第一篇有关通过分子技术描述湖泊小真核生物多样性的文章。 表一 不同湖泊样品的主要特征 湖泊 营养水平 坐标 最大深度m 取样日期（日、月、年） 温度℃ 氧密度（mg/l） Chl a密度（ug/l） Godivelle 寡营养 45°23′N, 2°55′W 55 17/07/02 14.9 18 0.02 Pavin 中度营养 45°30′N, 2°53′W 95 02/07/02 15 9.9 1.9 Aydat 富营养 45°39′N, 2°59′W 15 06/08/02 25.5 7.4 12.2 原料和方法 研究位点和取材：研究是基于三个湖泊（Massif Central， France）:寡营养湖Godivelle(lac d’en haut),中等营养湖Pavin,以及富营养湖Aydat（表一）。圆形