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作业五 溶剂介电质模型 1. 在分子模拟中为什么要考虑溶剂效应？ 分子模拟，是指利用理论方法与计算技术，模拟或仿真分子运动的微观行为。由于很多化学反应以及生命过程都是在溶剂中进行，尤其是水溶液，而在溶液里进行的化学反应，反应自由能受到反应物和产物溶剂化能力的影响，溶剂效应对分子运动产生影响，因此在分子模拟中要考虑溶剂效应。溶剂效应对于生物体系，比如蛋白质、DNA和RNA的结构和功能以及其他分子之间的相互作用都是至关重要的。 2. 显示溶剂模型和连续介质模型的差别在哪里？ 显示溶剂模型 连续介质模型 通用性高 通用性低 可以从模拟结界中得到溶剂化过程的具体细节 不能从模拟结界中得到溶剂化过程的具体细节 可以从模拟中得到许多有用的非熵性质 不能通过模型得到许多有用的性质 通过经典力学考虑核的运动 通过量子力学的方法考虑溶剂中电子和结构的ENP 采用一个截值来考虑一定范围之内的静电相互作用 不需要定义截断值来考虑一定范围之内的静电相互作用 采样分析建模 利用溶剂的统计平均性质建模 将溶剂分子作为一个个包围在溶质周围的分子，模拟中溶质以及成百上千个溶剂分子构成一个整体，由于溶剂分子不同会带来误差 不采用可见的溶剂分子，不考虑溶剂分子的多少 3.以上两种模型各有何优缺点？ 模型 优点 缺点 显示溶剂模型 有很好的通用性 可以从模拟结界中得到溶剂化过程的具体细节 可以从模拟中得到许多有用的非熵性质 忽略了溶质极化对ENP项的贡献，忽略了溶剂分子的非成对极化。 与熵相关的性质(如自由能)很难通过模拟来确定，因为很难确定怎样才能对所有的重要构象空间进行采样。 仅仅通过经典力学来考虑核的运动。 连续介质模型 可以避免在显示溶剂模型中常见的采样问题，因为连续介质模型描述了溶剂的统计平均性质。 不需要考虑溶剂分子多少的问题，不会像显示溶剂模型那样由于溶剂分子的不同带来误差。 不需要定义截断值来考虑一定范围内的静电相互作用。 不采用可见的溶剂分子，许多有用的性质不能通过连续介质模型得到。 自由能中焓部分和熵部分的分离非常困难。 基于分子力场的模拟中，常用水分子模型包括哪些？区别在哪里？ 区别：静电相互作用位点的数目以及位点上所带的部分电荷。三位点模型的效率最高，五位点模型的效率最差。 TIP3P：3位点。原子质量和电量在同一个质点上。TIP3P的H-O-H键角比理论值109.47小，为104.52度。只有氧原子具有范德华作用系数，氢原子的范德华系数为0。 SPC：3位点。原子质量和电量在同一个质点上。只有氧原子具有范德华作用系数，氢原子的范德华系数为0。 SPC/E：3位点。SPC的改进模型为SPC/E，起主要改进其实就是使溶液系统的总能量乘以5.22 kJ/mol。这样可以使SPC溶液属性更加接近实验值。 BF：4位点。 TIP4P：4位点。该模型在三个原子中间，H-O-H化学键的对角线上多了一个不含质量，只带电量的点。很多蛋白质模拟计算中。 ST2：5位点。 3位点水分子模型的结构参数： 4位点水分子模型的结构参数： 5位点水分子模型的结构参数：