第10章分类总结.ppt

第十章微生物的进化、系统发育和分类鉴定1形成于35亿年前的微生物化石主要是些类似简单杆状细菌的原始生物形成于8.5亿年前的微生物化石20亿年前以后的岩石中的微生物的化石形态多样性明显增多2进化(evolution)是生物与其生存环境相互作用过程中，其遗传系统随时间发生一系列不可逆的改变，在大多数情况下，导致生物表型改变和对生存环境的相对适应。系统发育(phylogeny)：各类生物进化的历史。见P3263生物分类的原则根据表型特征的相似程度：重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标。按照生物系统发育相关性水平：其目标是探寻各种生物之间的进化谱系，建立反映生物系统发育的分类系统。生物系统学(systematics)见P3274进化的测量指征细菌分类微生物分类鉴定的特征和技术微生物的快速鉴定和自动化分析技术5第一节进化的测量指征进化指征的选择rRNA作为进化的指征6一、进化指征的选择分子计时器(molecularchronometers)：进化速率相对恒定，即分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进化的时间成正相关。蛋白质RNADNA7在两群生物中，如果同一种分子的序列差异很大时：进化距离远，进化过程中很早就分支了。如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同时：处在同一进化水平上。8二、rRNA作为进化的指征rRNA参与生物蛋白质的合成，且功能恒定；在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域；16SrRNA相对分子质量大小适中；普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA)。9核糖体RNA1011rRNA序列测定和分析方法寡核苷酸编目分析法全序列分析法12CarlWoese利用16SrRNA建立分子进化树，发现生命的第三种形式——古细菌13见P3161416SrRNA系统发育树15动物界和植物界原核生物和真核生物（20世纪60年代）古细菌(archaebacteria)真细菌(Eubacteria)真核生物(Eukaryotes)（1977，CarlWoese）Bacteria(细菌)Archaea(古生菌)Eukarya(真核生物)（1990，CarlWoese）原核生物界（Kingdom）域（domain）16第二节细菌分类分类单元及其等级分类单元的命名细菌分类和伯杰氏手册17分类学的组成分类命名鉴定见P334181、分类(classification)根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。根据现有数据建立系统的过程。见P334192、命名(nomenclature)是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。分类系统建立过程中的步骤之一。20见P3343、鉴定(identification或determination)借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程。21见P334一、分类单元及其等级界门纲目科属种22见P334常用的类群术语培养物菌株型种亚种231、培养物(culture)是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。纯培养物见P334242、菌株(strain)从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物；或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型。名称：数字、字母、人名、地名等表示。AS、ATCC25见P334263、型(form或type)常指亚种以下的细分。指同一种内显示很小生物化学与生物学差异的菌株。生物型，血清型，致病型，噬菌体型，形态型。菌株与型的区别：菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据；不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型必须有分类学依据。27见P3354、种（species）指物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。表型特征基因型特征28见P3355、亚种(subspecies)在一个种内，根据少数几个稳定的变异特征或遗传性状区分为两个或两个以上分类单元，称为亚种或变种(variety)。见P33529二、分类单元的命名俗名（vernacularname）：一个国家或地区使用的普通名称。学名（scientificname）：科学名称，由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成。采用“双名法”。见P33630双名法属名＋种名加词首字母大写，可缩写全部小写，不得缩写Staphylococcusaureus：金黄色葡萄球菌Esch