生物芯片及数据分析技术概述.pptVIP

第九章;在20世纪科技史时有两件事是值得大书特书的：;人类基因组计划;上世纪70年代，美国投入巨资的“肿瘤计划”搁浅，人们渐渐认识到，包括癌症在内的各种人类疾病都与基因直接或间接相关。 1984年，美国能源部（DOE）首次探讨人类基因组DNA进行全序列分析的前景 1986年美国生物学家、诺贝尔奖获得者杜尔贝科(R. Dulbecco) 在《science》发表《癌症研究的转折点——测定人类基因组序列》（“人类基因组计划的标书” ）得到热烈响应。 1990年10月1日，人类基因组计划正式启动。 2001年2月，人类基因组序列“工作框架图”公布 2006年5月，最后一条染色体序列被公布 2008年1月，个人基因组计划启动;人类基因组计划主要研究内容;GeneBank数据的快速增长;怎样去研究如此众多基因的生物信息及其在生命过程中所担负的功能，成了全世界生命科学工作者共同的课题！;传统核酸印迹杂交的局限性;对核酸序列分析与测定提出的新要求;生物芯片技术 ;原理：分子间特异性相互作用;特点：;分类：; 生物芯片技术流程 ;第一节 DNA芯片（DNA chip）;;基本环节： 芯片制作 样品制备 分子杂交 检测分析 ; DNA芯片制作;原位合成法和直接点样法的比较;DNA芯片的基本构造;DNA microarrays on glass slides; 样品制备（DNA、mRNA）;以表达谱芯片为例：; 分子杂交; 检测分析;;;基因芯片检测结果;DNA芯片技术的应用;利用DNA芯片进行杂交测序的原理;杂交测序技术（SBH）可大规模地检测和分析DNA的变异及多态性。;疾病诊断;药物筛选;表达谱芯片是DNA芯片中最常用的一种芯片。;Affymetrix基因表达谱芯片的实验流程 ;生物信息学分析;归一化的数据;1、差异基因的筛选;每个探针点的Flag值/Call值：表达谱芯片中常用A、P、M来表示该探针点信号与背景信号的差异 ——A-Absent：无显著性差异 P-Present：有显著性差异 M-Marginal：差异介于A和P之间 ——要求比较的两组，至少有一组内不出现A ;火山图（Volcano plot）;聚类分析将基因与最相关的表达谱放在一起，分析的基础是总基因组的线性相关。生物系统的有序性质可以保证聚类分析方法会揭示出生物行为的有趣特征。 ;GO（Gene Ontology）分析 ;表 健脾???气法相关差异基因GO分类（DAVID 6.7）;KEGG pathway分析 ;深入分析：涉及Gq蛋白激活的花生四烯酸-HETEs代谢通路;蛋白分子相互作用分析 ;String9.05在线分析 ;pSTIING在线分析 ;单基因分析 ;;;;;;;蛋白质芯片技术 ;蛋白质芯片;蛋白质芯片与DNA芯片的差异：;根据研究目的不同，蛋白芯片的探针可选用某些特定的抗原、抗体、酶和受体等。 探针的标记主要有： 酶标记（如辣根过氧化物酶HRP、碱性磷酸酶AP） 荧光标记（常用Cy3和Cy5） 化学发光物质标记（如吖啶酯）等;分子间的反应 ;蛋白质芯片信号的检测 ;蛋白质芯片在医学中的应用;蛋白质芯片的应用举例：