【】三维构型图的创建—Chem3D使用(福州大学)资料.ppt

三维构型图的创建-Chem 3D 使用章永凡;1. 分子构型的三维描述方法 直角坐标系方法; 内坐标(z-matrix)方法 内坐标与直角坐标之间的区别在于，它侧重于从原子之间 的键连角度来描述原子间的相对位置，具体参数包括： 键长：两个原子间的距离( 需用两个原子描述) 键角：确定二根键之间的夹角(需用三个原子描述) 二面角：确定四个原子所在的两个平面之间的夹角 (需用四个原子描述);内坐标的输入格式为： 原子1,原子2,键长,原子3,键角,原子4,二面角;C;2. 软件简介 Chem 3D 软件是ChemOffice的主要模块，用于分子的三维空间模型显示与构造，并可以结合分子力学(MM)或量子力学(QC)方法对分子构型进行优化和性质计算，是一个具有较强功能的结构化学计算软件，主要功能如下： 分子三维结构的绘制：包括原子、化学键等基本绘制功能；;构型的测量：能便捷地显示体系的键长、键角、二面角等信息；;多种分子构型的3D显示方式：包括线、棒、球—棒、球堆积等；并可制作构型变化的3D动画；;3D动画：;具有较强的计算功能：利用程序内嵌的基于分子力学的MM2方法，可对分子构型进行动力学模拟。同时，利用内嵌的GAMESS量子化学软件包，可对分子构型进行优化，以及计算IR、Raman以及NMR等性质。其方法覆盖了经验方法、半经验方法以及不同水平的精确从头算方法。;3. 软件主要使用方法 (1) 软件界面;菜单栏说明 文件菜单：用于文件打开、保存和打印等;所支持的文件类型：;构型默认显示方式;原子球的大小;颜色和字体设置;编辑菜单：用于构型的复制和粘贴，以及选择控制等;显示菜单：控制显示方式、定位以及坐标、构型参数表显示设置等;构型的显示方式设置(可按空格键切换)：;Model display其它选项：;View position子选项：;工具条显示控制选项：;结构菜单：分子结构参数的测量以及对构型的定位和反演等对称操作。;可直接标出结构参数;计算菜单：对所绘制构型进行分子动力学、构型优化以及性质计算等;MM2分子力学功能：;Gamess计算功能：;表面绘制菜单：用于绘制分子轨道、静电势以及电荷密度图像等;Choose surface子选项：;苯分子总电荷密度图;Display model子选项：;动画控制菜单：用于动画播放控制以及绕某个轴进行旋转等;(2) 构型基本操作方法;Building工具条说明：;选择操作：利用工具条上的选择按钮;选择单个原子/化学键;放大、缩小操作;旋转操作;其它特殊旋转操作;绕某根键旋转：;通过旋转调整某个二面角：;平移操作;局部平移：;对象属性编辑操作 选择对象后，点击鼠标右键来修改对象属性;当修改元素类型时，程序会调整相应的键长并自动加氢原子;利用View菜单下的Cartesian Table来获取原子坐标：;化 学 键 属 性;当修改键的类型，程序会自动调整H原子的数目;可利用键长列表来修改键长：;与其它软件的接口(构型的导入与导出);(3) 分子构型的创建;(b)利用Building工具中的文本工具按钮来创建分子构型;创建4-甲基-2-戊醇的构型，CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3，按下回车键即可;利用类似方法还可以在原结构上加入或修改取代基，通过文本工具点击任一需要添加取代基位置的原子，在文本区域写上新的基团(缩写或分子式均可);课堂习题： (1) 绘制反式1,2-二甲基乙烯，并利用旋转操作转化为顺式构型; (2)直接绘制丹参醌的三维构型图:;(c)利用View菜单下的Chemdraw面板来创建分子构型(用于复杂分子的构造);(4) 分子构型的优化;显示每轮迭代信息;例如：优化(10,0)碳纳米管构型;(b) 利用Gamess量子化学软件包：;自洽场迭代参数控制;所计算性质包括： 偶极矩 电子密度 静电势 动能 Lowdin电荷和布居数 Mulliken电荷和布居数 势能 总能量;计算方法选择：;例：采用AM1方法研究正丁烷的结构稳定性;0.4 kcal;课堂习题： (1) 采用PM3方法优化(5,5)碳纳米管的构型； (2)计算O原子在(5,5)碳纳米管的吸附能:;(5) 分子性质的计算;(b) 采用Gammes软件包进行IR、Raman以及NMR光谱的理论模拟和预测 例：正丁烷IR/Raman谱图的AM1计算结果;(c) 分子轨道拓扑图像的绘制;默认情况下，绘制的是最高占据轨道(HOMO)，可通过Surface菜单下的Select Molecular Orbital的选项来选择所要绘制的分子轨道：;例：苯分子的前线分子轨道(HF方法，最小基组);(6) 动画制作;