第三章分子模拟任彦亮解释.ppt

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2016-07-23 发布于湖北
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第三章分子模拟任彦亮解释.ppt

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Chapter 3. Geometry Optimizations 几何构型优化;3.1 Potential Energy Surface (PES) 势能面; 反应物(reactants)、生成物(products)和过渡态(transition states)都是势能曲面的极值点。对于N个原子的体系(3N-6维坐标)，极值点的条件是能量对位置的一阶偏导数为零： ?E / ?Ri = 0 (i = 1, 2, ?, 3N-6) 其中E为能量，Ri为坐标。 ;;Hessian Matrix; 通过正则变换,可以找到一组坐标?i (i=1, 2, ?, 3N-6)使上述Hessian Matrix对角化： ;3.2 Locating Minima(寻找极小值);3.2.1 Convergence Criteria(收敛标准);3.2.2 Preparing Input for Geometry Optimizations 几何构型优化的输入文件;3.2.3 Optimization Output(输出文件);3.3 Locating Transition Structures寻找过渡态;# UHF/6-31G(d) Opt=QST2 H3CO -- H2COH Reactants 0 2 C O 1 1.48 H 1 R 2 A H 1 1.08 2 110. 3 120. H 1 1.08 2 110. 3 -120. R=1.08 A=110. H3CO -- H2COH Reactants 0 2 C O 1 1.48 H 1 R 2 A H 1 1.08 2 110. 3 120. H 1 1.08 2 110. 3 -120. R=1.9 A=30;3.4 Handling Difficult Optimization Cases复杂体系的优化;3.5 练习