华大基因讲座试题.ppt

部分案例 测10X深度, 覆盖95%的基因组 9311品系SNP的最低频率为1.5-2/kb,共获得80万SNP. 日本晴(粳稻)品系SNP的最低频率为3/kb,获得100万SNP. E.g. 家蚕重测序 40 silkworm varieties (29 domesticated and 11 wild) ~3-fold coverage for each Phylogenetic relationship 葫芦科比较基因组 3 转 录 组 分 析（RNA-Seq） Schedule of Experiment De Novo In one cases Three fish lines Genome Size ~ 1.5 Gb Initial project, we can use 1Gb per fish line Gene number reach to 3000~5000 (length 1 Kb) Example II Insect Genome Size ~ 16G or 6G without Reference Sequence Data: 10G raw data Assembly Results: More than 15,000 Scaffolds (L1k) ~ ( more than 15,000 genes identified) 更多深层次的应用领域 转录本结构研究 UTR鉴定；Intron边界鉴定；可变剪接研究；Start codon鉴定；RNA编辑研究；基因融合的发现等； 非编码区域研究 基因转录水平研究 基因表达差异；进化分析等 全新转录区域研究 Example I Rice –Transcriptome Genome Size ~ 400 Mb with Reference Data：10Gb/sample（two samples） Result: For 27,655 high covered genes, 8923 genes re-defined , include 11,208 new exons, 9,784 introns and 3,186 exon skipping events. 4 数字表达谱（DGE） 用测序取代芯片的技术革命 基因表达研究进入数字时代 通量高1次实验即可得到足够数据 可重复性高 我们已完成的DGE项目 分析内容 sRNA 与参考序列比对 sRNA 与rRNAetc 的比对 包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 等non-coding RNA sRNA 与repeat 的比较 sRNA 与mRNA/exon/intron 的比较 预测新的miRNA miRNA差异表达分析 靶基因预测 王经攀 wangjingpan@ 刘兆山 airfree_liu@163.com 谢 谢！ In reference A schematic representation of cancer-specific alternative gene splicing. PLoS ONE. 2009; 4(3): e4732. 应用举例 Transcriptome size estimation on rice mRNA 产生标签 CATGGCTGAAGTCAAGGATGT CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGCTGAATCTGAGGCTCT CATGGCTGAATCTGAGGCTCT CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGCTGAAGTCAAGGATGT CATGGCTGAAGTCAAGGATGT 测序 CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGG