class6重点分析.ppt

2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法三: 用全长cDNA比对预测. (搜索nr数据库) gctgcacgc ctttccgcga 与fruitfly网站的预测结果非常接近!! 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 选择了大概13kb的包含AF486280的序列 方法四: 搜索dbEST 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 方法四: 搜索dbEST We care?? 2)启动子序列分析: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 方法四: 搜索dbEST atcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 与fruitfly的结果几乎一致. 因此,我们初步认为ATC..为TSS 2)启动子序列分析: 确定TSS后的实验验证也是很重要的. 可以选择推测的TSS之前, 之后的序列设计引物, 进行RT-PCR扩增, 初步确定TSS. (该步骤也可以不做) 下一步: 选择TSS(or ATG)之前的2000bp左右的序列, 通过MatInspector程序进行分析. 1、BLAST检索NR或基因组数据库， 打开检索结果，选取基因起始部分拷贝至BioXM软件，手工查找； 2、自动搜索：适合于水稻等基因组公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。 http://www.genomatix.de/ MatInspector: http://www.genomatix.de （需要注册） 2)启动子序列分析:Stress promoter 1.0 Huang et al., GENE, 2008 2)启动子序列分析: other choices: EMBOSS 6.3.1: tfscan 2)启动子序列分析: other choices: /berry.phtml?topic=nsitepgroup=programssubgroup=promoter http://bioinfo.ut.ee/primer3/ * In Class Exercise 1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM); 2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP); 3. Motif and domain prediction for ZFP252; 4. Calculate similarity and identity between ZFP252 and ZFP182 (Bioxm) Homework: Cis-acting element analysis for ZFP252 promoter.( Use 2000 bp sequence upstream of ATG) * 　 Bioinformatics Homework Get rice ZFP182 orthologues from six plant species and align their CDS/ORF sequences and protein sequences, respectively. Copy two alignments to Microsoft Word. Identity: foreground color of yellow and background color of red Box the conserved motifs for each alignment. USE CLUSTALX+GeneDOC and BioXM2.7, respectively. Molecular weight/pI(BioXM) Enzyme restriction sites (BioXM) Motif and Domain Subcellular Localization Primer design (Primer 3) Promoter Analysis(BLAST/Matinspector) Others(BioXM) Sequence Analysis BioXM BioXM Motif prediction： What is motif? Motif（基序），即氨基酸序列中的一些作用位点，比如酶的活性位点，修饰位点等． 在论文中常常对新蛋白进行此类分析，推测其可能的被