使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布分解.docVIP

使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布文/Sobereva??2013-Jul-28 1 前言分子表面静电势图经常在文献中出现，不同表面区域静电势大小通过不同颜色展现，使分子表面上静电势的分布一目了然。分子表面一般都用Bader定义的范德华表面，即电子密度为0.001 e/Bohr^3的等值面。只要提供所需的输入数据，这种图在许多程序中都可以作，例如Molekel。特别是在常用的Gaussview里作这种图比较简单快捷。本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和photoshop作分子表面静电势图既不比使用Gaussview快，步骤也比它复杂，但是优点十分显著，就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置，可以十分灵活地调节显示效果，而且还可以通过相同的方法绘制出分子表面上静电势以外的实空间函数的分布，比如平均局部离子化能、局部电子亲和能、Fukui函数等等。另外还可以顺带着获得许多其它信息，比如原核与分子表面的距离，实空间函数在分子表面上分布的统计数据等等。总之，对于初学者、纯粹图省事者建议用Gaussview，本文是给那些想研究得更深入并且稍有动手能力的研究者读的。只要了解每一步操作的意义，就会觉得其实根本不复杂，而且思想上获得极大的解放。本文所用Multiwfn版本为3.2(dev)（即3.2的开发版），可在上下载。VMD为