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浅析分子标记在水稻遗传育种中的应用 安徽农学通报，Anhui Agri. Sci. Bull. 2013，19（17） 浅析分子标记在水稻遗传育种中的应用 郭震华 （黑龙江省农业科学院佳木斯水稻研究所，黑龙江佳木斯 154026） 摘 要：介绍了几种 DNA分子标记技术的原理、特点，并对分子标记在水稻遗传图谱的构建和基因定位及其在作物 遗传育种研究中的应用进行了综述，并对其进行了展望。 关键词：水稻；分子标记；育种 中图分类号 S511 文献标识码 A 文章编号 1007-7731（2013）17-13-03 Brief Analysis on the Application of Molecular Markers in Rice Genetics and Breeding Guo Zhenhua （Jiamusi Rice Research Institute of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences，Jiamusi 154026，China） Abstract: This paper reviewed principles and features of DNA molecular markers，and summarized the application of DNA molecular markers on the building of rice genetic map，gene mapping and crop genetics and breeding re search.And，it also outlook rice breeding research and application. Key words: Rice；Molecular markers；Breeding 在水稻育种工作中，传统的育种方法通过品种或品系间 的杂交，从后代中通过表型观察选择理想的重组基因型，耗 时费力，而且选择难度大。近年来随着分子生物学的发展和 完善，不同类型的分子标记相继被开发出来并应用到育种实 践当中，取得了丰硕的成果，分子标记辅助选择（Marker As? sisted Selection，MAS）也成为了水稻育种家们的研究热点 之一。 分子标记是遗传标记的一种，分子标记辅助选择原理是 运用与目的基因紧密连锁或共分离的分子标记，对目的基因 进行直接筛选，避免环境条件的影响，保证了选择的准确 性。同时缩短了育种年限，加速了育种进程。 1 常用的分子标记 分子标记按技术特性主要分为4类：以分子杂交为基础 的DNA标记技术，如限制性片段长度多态性标记（Restric? tion Fragment Length Polymorphisms，RFLP）；以 PCR 为基础 的DNA标记技术，如微卫星标记（Simple Sequence Repeat， SSR）；以PCR为基础结合限制性酶切的DNA标记技术，如扩 增片段长度多态性标记（Amplified Fragment Length Polymor? phism，AFLP）；以单核苷酸多态性为基础DNA标记技术，如 单 核 苷 酸 多 态 性 标 记（Single Nucleotide Polymorphism， SNP）。 水稻分子辅助育种中常用的标记主要有RFLP标记、SSR 标记、AFLP标记、RAPD标记、ISSR标记和STS标记。分子标 记众多，每种标记技术都有各自的技术特点，因此针对不同的 实验材料及实验条件，合理选用相应的标记技术，可以做到取 长补短，顺利完成实验。表1是几种标记技术的特点。 表1 几种常用分子标记技术特点比较 标记 技术 RFLP STS RAPD ISSR SSR AFLP 基因组 分布 低拷贝 编码序列 编码序列 整个基因组 整个基因组 整个基因组 整个基因组 遗传特点 多态性 共显性 中等 共显性 较高 多数显性 较高 显性/共显性 较高 共显性 高 显性/共显性 较高 检测基因 座位数 1～3 1 1～10 1～10 多数为1 20～200 探针/ 引物类型 gDNA或cDNA 特异性低拷贝探针 20bp特异引物 9～10bp 随机引物 16～18bp 特异引物 14～16bp 特异引物 16～20bp 特异引物 DNA 质量要求 高 高 低 低 中等 高 DNA 用量 2～10μg 10～25μg 10～25ng 25～50ng 25～50ng 2～5μg 技术 难度 高 中等 低 低 低 中等 同位素 使用情况 通常用 不用 不用 不用 可不用 通常用 可靠性 高 高 低/中等 高 高 高 耗时 多 中 少 少 少 中 成本 高 中等 较低 较低 中等 较高 基金项目：国家水稻产