GSTII---Title---.ppt

建模 Modeling Template-based modeling 普遍认为模板库已经趋于完整 关键：选择正确模板，提高比对准确度 Homology?Modeling，序列足够相似，充分使用整个模板的信息 Threading，组合片段，搜索自由能最低 难点：远同源关系 Template-free modeling 当前算法找不到合适的模板 与数据库中匹配的片段不足以确定拓扑结构 适合小蛋白，loop modeling等 难点：beta proteins Template-based modeling: global T:GKITFYERGFQGHCYESDC-NLQP… S:GKITFYERG---RCYESDCPNLQP… T:GKITFYERGFQGHCYESDC-NLQP… S:GKITFYERG---RCYESDCPNLQP… F(R) = P pi (fi /I) Modeller Template-based modeling: global T:GKITFYERGFQGHCYESDC-NLQP… S:GKITFYERG---RCYESDCPNLQP… F(R) = P pi (fi /I) Modeller Comments: 1）Key: pdf 的估计 2）MSA帮助最大 3）能量函数粗糙 Template-based modeling: global T:GKITFYERGFQGHCYESDC-NLQP… S:GKITFYERG---RCYESDCPNLQP… F(R) = P pi (fi /I) Modeller Conserved restraints Unconserved restraints Sampling Contact Map MUFOLD Comments: 1）Key: pdf 的估计 2）MSA帮助最大 3）能量函数粗糙 Template-based modeling: global T:GKITFYERGFQGHCYESDC-NLQP… S:GKITFYERG---RCYESDCPNLQP… F(R) = P pi (fi /I) Modeller Conserved restraints Unconserved restraints Sampling Contact Map MUFOLD Comments: 1）Key: pdf 的估计 2）MSA帮助最大 3）能量函数粗糙 Comments: 1）Key: sampling 2）deep and narrow search 3）无能量函数 4）global error危害很大 Template-based modeling: global Template-free modeling 1）每列寻找200个片段 2）统计局部的二面角的分布 3）sampling，能量最低 Seqence Predicted SS 3,9-mer DB search 相邻的k-mer的二面角之间是独立的 Rosetta 1）每列寻找200个片段 2）统计局部的二面角的分布 3）sampling，能量最低 Seqence Predicted SS 3,9-mer DB search Template-free modeling 相邻的k-mer的二面角之间是独立的 Rosetta 1）每列寻找200个片段 2）统计局部的二面角的分布 3）sampling，能量最低 Seqence Predicted SS 3,9-mer DB search 相邻的k-mer的二面角有关联 两面角的HMM 迭代改进HMM FALCON Template-free modeling 相邻的k-mer的二面角之间是独立的 Rosetta 1）每列寻找200个片段 2）统计局部的二面角的分布 3）sampling，能量最低 Seqence Predicted SS 3,9-mer DB search 相邻的k-mer的二面角有关联 两面角的HMM 迭代改进HMM FALCON RaptorX CRF模型 Template-free modeling 相邻的k-mer的二面角之间是独立的 Rosetta 1）每列寻找200个片段 2）统计局部的二面角的分布 3）sampling，能量最低 Seqence Predicted SS 3,9-mer DB search 相邻的k-mer的二面角有关联 两面角的HMM 迭代改进HMM FALCON Comments: 1）K-mer离散化的表达不能cover所有情况 2）二面角的微小变化可能导致完全不同的fold 3） key：k-mer之间的关系 + 能量函数 RaptorX CRF模型 Template-f