repeatscout步骤.docVIP

第一步：用build_lmer_table命令把整个基因组生成一个频率表格，把所有有过重复的kmer都找出来。 它的参数如下 我选择的-l 是14 结果悲剧了，原始基因组太大，658M的文件，运行了半个小时还没结果 实在是太慢了，就把它放在后台运行 这次过了大概一个多小时吧出现结果了输出的文件更大，1.6G，如下 列出来每个14-kmer的重复频率 第二步：用 RepeatScout 这个命令根据生成的频率表格和基因组序列产生一个包含有所有的能找到的重复元件的文件。 这次也是放在后台，估计得跑一整晚上，明天继续写 新输出的文件就是含有所有的重复序列的文件 早上起来看到已经运行完了，新生成的文件非常小，才2.2M如下 第三步：用filter-stage-1.prl这个脚本过滤掉低复杂度和串联重复元件。 i m try to work with repeatscout but every time when i m runninf filter-stage-1.prl, the filtered library generated is created empty( no data)..... any solution??? 第四步：需要借用repeatmasker来把这个xaa_repeat_filtered1当作文库运行生成一个out文件 以下步骤是把大基因组文件分割后运行，发现错误，第一个过滤后成空文件了 第一步：用build_lmer_table命令把整个基因组生成一个频率表格，把所有有过重复的kmer都找出来。 它的参数如下 我选择的-l 是14 结果悲剧了，运行了半个小时还没结果 看来还是得切割小 这次很快就跑完了，输出的文件如下 列出来每个14-kmer的重复频率 第二步：用 RepeatScout 这个命令根据生成的频率表格和基因组序列产生一个包含有所有的能找到的重复元件的文件。 这次也跑了近半个小时 新输出的文件就是含有所有的重复序列的文件 第三步：用filter-stage-1.prl这个脚本过滤掉低复杂度和串联重复元件。 貌似得到的文件为空，难道是全部过滤掉了？？？ 第四步：需要借用repeatmasker来把这个xaa_repeat_filtered1当作文库运行生成一个out文件