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RNA提取一般步骤总结
RNA提取一般步骤总结
RNA提取原理:
| 通过变性剂破碎细胞或者组织,然后经过氯仿等有机溶剂抽提RNA,再经过沉淀,洗涤,晾干,最后溶解。但是由于RNA酶无处不在,随时可能将RNA降解,所以实验中有很多地方需要注意,稍有疏忽就会前功尽弃。
RNA提取的一般步骤
所有RNA的提取过程中都有五个关键点,即:样品细胞或组织的有效破碎;有效地使核蛋白复合体变性;对内源RNA酶的有效抑制;有效地将RNA从DNA和蛋白混合物中分离;对于多糖含量高的样品还牵涉到多糖杂质的有效除去。但其中最关键的是抑制RNA酶活性。RNA的提取目前阶段主要可采用两种途径:提取总核酸,再用氯化锂将RNA沉淀出来;直接在酸性条件下抽提,酸性下DNA与蛋白质进入有机相而RNA留在水相。第一种提取方法将导致小分子量RNA的丢失,目前该方法的使用频率已很低。实验步骤:
破碎组织→分离RNA→沉淀RNA→洗涤RNA→融解RNA→保存RNA。1、 破碎组织和灭活RNA酶可以同步进行,可以用盐酸胍、硫氰酸胍、NP-40、SDS、蛋白酶K等破碎组织,加入β-ME可以抑制RNA酶活性。
2、 分离RNA一般用酚、氯仿等有机溶剂,加入少量异戊醇,经过此步,离心,RNA一般分布于上层,与蛋白层分开。
3、 沉淀RNA一般用乙醇、3M NaAc(pH-5.2)或异丙醇。4、 洗涤RNA使用70%乙醇洗涤,有时,为避免RNA被洗掉,此步可以省掉,洗涤之后可以晾干或者烤干乙醇,但是不能过于干燥,否则不易溶解。
5、 融解RNA一般使用TE。
6、 保存RNA应该尽量低温。为了防止痕量RNase的污染,从富含RNase的样品(如胰脏、肝脏)中分离到的RNA需要贮存在甲醛中以保存高质量的RNA,对于长期贮存更是如此。从大鼠肝脏中提取的RNA,在水中贮存一个星期就基本降解了,而从大鼠脾脏中提取的RNA,在水中保存3年仍保持稳定。另外,长度大于4kb的转录本对于痕量RNase的降解比小转录本更敏感。为了增加贮存RNA样品的稳定性,可以将RNA溶解在去离子的甲酰胺中,存于-70。用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的杂物。来源于胰脏的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。当准备使用RNA时,可以使用下列方法沉淀RNA:加入NaAc至0.3M,12,000×g离心5分钟。
I氯化锂法提取总RNA:
本方法用高浓度尿素变性蛋白并抑制RNA酶,用氯化锂选择沉淀RNA,其特别适合于从大量样品中提取少量组织RNA,具有快速简洁的长处,但也存在少量DNA的污染及RNA得率不高,小RNA片断丢失的缺陷。试验试剂:
1、 氯化锂/尿素溶液【氯化锂126g 3M 尿素、360g 6M 加水至1L,过滤灭菌】
2、 悬浮液【10mM? Tris-HCL pH7.6 ,1mM? EDTA pH8,0 ,0.5%SDS】
试验步骤: 1、 对于大量组织或细胞,则每克组织或细胞加入5-10ml氯化锂-尿素溶液,匀桨器高速匀桨2分钟;对于少量细胞(107个细胞/ml),则每克组织或细胞加入0.5ml氯化锂-尿素溶液手工匀桨,并转移至Eppendof管中。2、 匀桨液在0-4放置4小时后,12000g离心30分钟。3、 取沉淀,加入原匀桨液1/2体积的氯化锂-尿素溶液,重复步骤2。
4、 沉淀用原匀桨液1/2体积的氯化锂-尿素溶液复溶后,加入等体积酚/氯仿/异戊醇在室温放置15-30分钟并不时摇动混匀,4000g离心5分钟。
5、 取上层水相,加1/10倍体积的3M乙酸钠(pH5.2)及2倍体积的乙醇,-20放置1小时,5000g离心。
6、 70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。7、 RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分装,于-70保存。
蛋白酶-热酚法本方法适合于病毒RNA的提取
试验试剂:
1、 蛋白酶K(终浓度50ug/ml), J5 p l6 V/ t7 [/ I
2、 2×缓冲液:1%SDS? 20mMTris-HCL pH 7.6 ? 0.2MnaCL试验步骤: 1、 提纯病毒液中加入等体积缓冲液、蛋白酶K,3740-50分钟。
2、 加入等体积65预热的酚溶液,轻徭,在65保温5分钟后再轻徭。
离心,取上清,氯仿抽提一次。4、 取上层水相,加1/10倍体积的3M乙酸钠(pH5.2)及2倍体积的乙醇,-20放置1小时,5000g离心 10000g,10min 。 70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。
6、 RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分装,于-70保存。植物RNA提取过程中难点的相应对策
植物RNA提取过程中难点的相应对策
酚类化合物的干扰及对策:
许多植物组织特别是植物的果实(如苹果、樱桃、李子、葡萄等)和树木类植物中富含酚类化合物。酚类物质的含量会随着植物的生长而增加。因而从幼嫩的植物
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