3730xl测序简介汇总.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * Fully Integrated System 3730xl型遗传分析仪 双光束激光实时激发荧光 全波长实时荧光检测：光栅分光，后置超簿型CCD检测 96个样品自动进样及一体化16板自动进样样品架 内置样品板条形码自动识别 100次（9600个样品）运行试剂一次上机 自动碱基识别与质量评分软件 长读测序POP-7液体分离胶，动态内镀毛细管 电泳温度18-70 C可调 DNA测序基本流程 准备模板：质粒、PCR产物 抽样检查DNA浓度和质量，必要时纯化 测序PCR反应 纯化测序产物 变性 上机电泳 分析数据 DNA测序技术应用 测序的应用 基因组DNA测序 cDNA测序 未知序列测序 已知序列再测序 质粒、PCR产物 BAC、YAC 细菌基因组DNA 法医：线粒体DNA测序 Long read with BigDye? Terminator v3.1: 1010bp 长片段测序 ACCGTCTTGACCTCGTACGCATGA ACCGTCCTGACCTCGTACGCATGA 基因测序的重要工作：杂合子位点识别 A C G T 杂合子测序 杂合子检测：发现新突变位点 再测序 人类基因组计划的完成，为遗传分析开创了新的研究领域 其他物种的测序项目已经启动 再测序项目的特点 可以更好的理解遗传多样性在疾病中的作用 可以在各种规模的实验室中进行，而不是仅限于基因组测序中心 要求更高质量的数据 基因分析技术在生物、医学、农牧业领域的应用 DNA测序 人类功能基因再测序 细菌、真菌等微生物鉴定； HLA配型 基因突变检测 SNP检测 SNaPshot Multiplex SNPlex 二重TaqMan探针 片段分析 基于STR的法医个体识别与亲子鉴定：HID 基于STR的致病基因连锁定位：LMS 基因突变筛选 ：SSCP 农牧业育种：AFLP 基因表达定量 TaqMan探针法与荧光染料法 STR遗传标记基因分型 CNV遗传标记在MLPA反应的结果 原理：单碱基延伸,单碱基测序.利用延伸引物对PCR产物进行单个碱基的延伸,并引入尾部的荧光.其荧光的颜色及其荧光出现的位置进行区分其基因型 SnapSHot技术优点：可以研究样本量少,snp位点多,位点间物理距离较远的SNP检测. SNP遗传标记在SnapSHot反应的结果 5417G 663A 13010G 4216T 4491C 10646G 11719A 4715T 4833T 12406G 5301T 13263A 7028T 14569G 12705T 15607A 9824A 5178A 3010T 文库类型及特点 基因文库（Gene Library） 基因组文库（Genomic Library ） cDNA 文库（cDNA Library） 基因组文库 含有某种生物全部遗传信息的重组DNA分子的克隆总和 基因组文库常用的载体及特点 质粒载体 简单、快速、易于操作，但仅适合一些低等真核生物和原核生物，如：pBR322,pUC18,pGEM λ噬菌体载体 由λ噬菌体改建而来，需要在体外包装成噬菌体颗粒，再转染受体细胞 粘质粒载体（cosmid) 具有质粒和λ噬菌体两种载体的性质 人工染色体 能容纳大片段的外源DNA。如YAC(酵母人工染色体），BAC(细菌人工染色体），PAC(P1来源的人工染色体），MAC（哺乳动物人工染色体） 各种克隆载体的比较 载体 受体细胞 结构 插入大小 适 用 pUC18/19质粒 E.coli 环形质粒 10kb 亚克隆文库 λ噬菌体 E.coli 线性载体 ~24kb 基因组文库 粘质粒 E.coli 环形质粒 35~45kb 基因组文库 BAC E.coli 环形质粒 100~300kb 基因组文库 PAC E.coli 环形质粒 100~300kb 基因组文库 YAC 酵母细胞 线性染色体 100~2000kb 基因组文库 MAC 哺乳类细胞 线性染色体 1000kb 基因组文库 cDNA 文库 直接以完整的mRNA为模板反转录成的全长cDNA分子与克隆载体连接后，转导到寄主细胞，经复制形成的在寄主细胞中保存的许多克隆 分类 质粒cDNA文库 噬菌体cDNA文库 表达文库 非表达文库 未处理cDNA文库 均一化cDNA文库 差减cDNA文库 普通cDNA文库应用领域 发现SNP 克隆新基因 基因表达谱分析 从EST中发掘SSR