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高性能集群结构 登陆 用户在windows或Linux下，使用客户端，通过ssh协议来链接。 文本界面登陆 软件：SSH Secure Shell Client putty 以ssh client 为例 输入服务器 IP地址，用户名，密码。 即可登陆服务器终端进行命令操作。 文件传输 软件：SSH Secure File Transfer Client winscp 以SSH Secure File Transfer Client为例 图形软件运行界面 软件：xmanager ————》xstart 或 xshell 以Xshell为例，启动Xshell 输入 ssh IP地址 输入 用户名，密码即可登陆 在xshell下可以启动图形界面软件 ＃gedit 即可看到图形界面编辑器 并行和串行程序 串行程序 编译： gcc –o myprogram myprogram.c 运行： 1)#PATH/myprogram 即使是当前路径：需要输入 ./myprogram 2)#myprogram myprogram 所在的路径在PATH环境变量 #echo $PATH /home/users/mashj/mpi/mpich-127-gcc-ssh/bin:/home/users/mashj/compiler/pgi714/linux86-64/7.1/bin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/pathscale/bin 需要把myprogram拷贝到这些路径中，或添加这些myprogram所在路径到环境变量中 ＃export PATH=my_path:$PATH 执行后可以把这句话添加到~/.bash_profile中 每次shell启动自动添加。 (详情参阅shell编程) 并行程序 编译： mpicc –o my_mpi_program my_mpi_program.c 运行： mpirun –np 8 my_mpi_program 各种mpi运行方法有些不同 mpich 特点： 最基本的mpi，运行最简单，支持mpi1.0标准，用的最广泛，但是效率不高。 使用rsh或ssh； 安装路径；通信方式；都是在编译的时候确定，编译成功后不能更改。 使用： 设置环境变量，确认用mpich export PATH=/data/software/mpi/mpich/bin:$PATH 编译程序： #mpicc –o hello hello.c 运行： #mpirun -np 16 -machinefile ma yourprogram -np 16 起16个进程 -machinefile ma 文件写出在哪些节点上执行该命令，格式如下 #vim ma node1:8 node2:8 ：号后面的8代表每个节点上有8个cpu openmpi 特点 支持mpi2.0,功能强大，灵活，支持infiniband，效率高 使用rsh或ssh可以自由切换，路径可以自己标志，编译器也可以改，一个版本支持多种通讯方式 使用： 设置环境变量，确认用openmpi #export PATH=/data/software/mpi/openmpi/bin:$PATH #export LD_LIBRARY_PATH=/data/software/mpi/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH 因为默认的openmpi编译出来的库为动态库，所有要设置LD_LIBRARY_PATH变量，如果想要不设，在编译openmpi时加上 --disable-shared --enable-static 选项 编译： #mpicc –o hello hello.c #mpicc -showme 可以看到实际调用编译器的情况 运行： mpirun -np 16 -machinefile ma --prefix /data/software/mpi/openmpi --mca pls_rsh_agent rsh --mca btl self,tcp yourprogram -np 16 起16个进程 -machinefile ma 文件写出在哪些节点上执行该命令，格式如下 #vim ma node1