质谱数据2014综述.ppt

谢谢大家！ 数据库搜索：小结 数据库搜索算法的目标是在数据库中寻找与二级质谱图最好匹配的多肽 （两个步骤）。 但是实际的二级质谱并不是那么完美的，存在很多随机匹配的可能 （打分） 估计FDR是鉴定多肽过程中非常重要的一步 通过数据库检索进行多肽鉴定后，还要根据多肽序列进行蛋白鉴定 小练习3一次实验共鉴定到了13个多肽，蛋白A-J包含这些多肽序列，请问样品中包含哪些蛋白 Molecular Cellular Proteomics 4:1419-1440, 2005 Protein inference problem in shotgun proteomics Protein isoforms are usually not distinguishable 奥卡姆剃刀原理 如果你有两个理论，它们都能解释观测到的事实，那么你应该使用简单的那个，直到发现有直接的证据支持更为复杂的那个理论。 找到最少的一组蛋白，包含鉴定到的全部多肽序列 事实是，样品中的蛋白介于可推断出的最少和最多的两个蛋白list之间 Usually，proteins are reported in groups and families 蛋白鉴定的可信度 拥有更多高可信度多肽的蛋白的可信度最高 选择至少有两个肽的蛋白，或者保留单肽鉴定的蛋白，但要求这个肽具有极高的可信度 可用反相数据库方法估计Protei