本科毕业设计_边预测.docVIP

目　录 摘　要 iii ABSTRACT iv 第一章　综述 1 第一节　边预测的用途 1 第二节　基于相似性的边预测方法 2 一、　局部信息下的相似性分析 2 二、　路径基础上的相似性分析 2 三、　随机游走中的相似性分析 3 第三节　Cytoscape简介 4 第四节　论文结构 5 第二章　Cytoscape插件开发简介 6 第一节　Cytoscape的软件结构 6 第二节　Cytoscape二次开发 7 一、　Cytoscape编程控制 8 二、　Cytoscape插件开发 9 第三章　预测算法及其实现 17 第一节　预测算法实现 17 第二节　Cytoscape边预测功能实现 18 第三节　Cytoscape预测功能展示 19 第四节　算法评价 20 第四章　边预测实验 22 第一节　真实网络导入 22 第二节　预测插件应用及结果 23 第三节　预测结果分析 26 总　结 28 参考文献 30 附　录 32 附录A 32 附录B 55 摘　要 在大数据时代，网络建模成为数据处理的一项重要手段。而边预测作为处理网络的有效方式也逐渐受到更多的关注。边预测是指在网络中，通过已知的网络信息，例如节点，边或网络结构等，来对网络中存在性不明的边进行预测[6]。边预测既能解决生物网络中实验方向不明朗的问题，又能在数据缺失或难以集全的情况下较为精确地对研究社会网络进行研究分析。同时还能纠正网络中错误连边，完成网络结构重组。而Cytoscape作为一项重要的网络处理软件，既能对网络进行可视化处理，又能对网络进行集成分析，已在各种复杂网络分析处理和可视化领域应用中占据十分重要的地位。但是，边预测作为网络处理的强大手段，目前Cytoscape仍然缺乏通用的预测插件，因此，本文以Cytoscape为软件平台，基于共同邻居的边预测算法，实现了符合OSGi标准的Cytoscape插件，总结了Cytoscape第三方开发接口和插件开发流程，为开发通用的Cytoscape边预测插件包提供了参考。 关键词：边预测；Cytoscape；插件；相似性 ABSTRACT In the era of big data, network modeling becomes one of these important methods. And edge prediction draws more attention as a valid way of handling network. Edge prediction means to predict whether an unknown edge exits or not in the network with information in the network like node, edge or structure. Edge prediction can help to solve the problem that biological experiments do not have a clear direction when explore the inner patterns, analyze the social network accurately without complete data, correct the wrong link in the network and rebuild it. And Cytoscape is a software of network handling, which can visualize the network as well as carry out integrated analysis for it. Therefore it plays an important role in the complicated network analysis and visual application field. However, Cytoscape has various functions, but it cannot do the job like edge prediction. Nowadays, edge prediction can be realized through programmed algorithm, its visual result is not so good though, and there’s no universal app with the function of prediction in Cytoscape. Therefore, in this article, we finished a