图位克隆的基本原理和方法1(免费阅读).pptVIP

精细定位 扩大群体，进行精细定位 图位克隆的基本原理和方法 何宗顺 2011.12.7 图位克隆的基本原理 其基本的原理是： 功能基因在基因组中都有相对较稳定的基因座，通过找到与目标性状紧密连锁的分子标记，在利用分子标记技术对目的基因精细定位的基础上，由于水稻全基因组序列的发布，我们可以得到已定位区段的候选基因，通过对候选基因进行分析，确定目标基因，最后经遗传转化试验证实目的基因功能。 图位克隆的步骤： Primary mapping Fine mapping Candidate gene Complementation test Functional analysis Primary mapping Trait method Mapping population Qualitative traits bulked segregment analysis F2、BC1 Quantitative traits whole-genome QTL screen RIL、 DH 、NIL primary mapping method and Mapping population 作图群体 将纯合突变体与ZS97进行杂交，对杂交的种子进行基因型鉴定，找到杂合型种子（即种子能够发生分离），将杂合F1代种子种下去后就能得到F2代群体。 R/R r/r R/R R/r F2 × R/r r/r F1 P1 纯合突变体 P2 ZS97 primary mapping method Bulked Segregment Analysis：群组分离分析法。原理是将分离群体(F2、BC1等)中的个体依据研究的目标性状(如抗病、感病)分成两组，每一组取样8-15份，在每一组群体中将各个体DNA等量（等浓度等体积）混合，形成两个DNA池(如抗病池和感病池)。同时需要构建两个亲本（ZH11/ZS97）的BSA池。由于分组时仅对目标性状进行选择，因此两个池间理论上就应主要在目标基因区段存在差异。 ZH11 ZS97 HL15(W) HL15(M) HY1(W) HY1(M) HY2(W) HY2(M) HY3(W) HY3(M) HY5(W) HY5(M) ZH11 ZS97 HL15(W) HL15(M) ZH11 ZS97 HL15(W) HL15(M) 将构建的BSA池分别用本室的255对在亲本ZH11/ZS97间存在多态性的SSR标记进行PCR扩增，经过跑PAGE胶找到与目标性状紧密连锁的标记。 找到紧密连锁的分子标记之后我们就要进行一个“阳性”检测：即检测这个找到的分子标记是不是真正的与目标性状连锁。 我们对F2代群体中随机选取一个200左右的小群体，将找到的分子标记分别扩增这些样，看表型与基因型是否对应。 同时我们可以用这个小群体进行一个初步的基因定位。 Fine mapping 一. 表型观察 二. 筛选交换单株 三. 开发新的分子标记 R/R r/r R/R R/r F2 × R/r r/r F1 P1 纯合突变体 P2 ZS97 正常表型 突变表型 ZH11：“A” ZS97：“B” 交换有两种带型：H和B 单株 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M1 M2 M3 M4 M5 H A A B H A A A A B H A A B A A A A A A A A A A A A A A A A A H A A A B H H A A A H H A A B B H B