用BLAST发现新基因.pptVIP

用BLAST来发现新基因 发现新基因 所谓发现新基因是指在数据库中发现的一些还没有被注释的DNA序列。例如会为下面这些理由去寻找新基因。 ①可能会在一个感兴趣的特殊物种中（如植物或者古细菌）想研究一个以前从未发现过的蛋白质（ 如lipocalin ）。 ②想知道是否细菌也有lipocalin蛋白质。如果这样，就可以深入了解这个转运蛋白质家族的进化 ③正在研究HIV pol蛋白质，尤其是它的逆转录酶区域。你想在真核生物蛋白质中找到这个区域的例子，但不想研究一个已知有这个motif的真核生物蛋白质，而更愿意去研究一个从来没有描述过的新蛋白质。 常用方法 具体操作 步骤一：选择一条已知蛋白序列。 搜索最好在一个有EST、基因组序列或者其他DNA序列的数据库中进行。一般在酵母、大肠杆菌或其他那些DNA或者蛋白质非冗余的数据库中搜索的结果都不是特别有效，这是因为上面这些数据库中的序列都较好地被注释了，所以也就很难再找到新基因了。 在NCBI的数据库中搜索最近提交的蛋白质序列，可增大发现新基因的可能性。 选择“search Protein” for “lipocalin（脂钙蛋白）”，并在limits里将限制条件“Published in the last 30 days”，选择一条搜索到的蛋白质序列。例如选取的是ACCESSION 为 ZP序列。 如图1和图2： 步