Chapter_3_生物数据库简介.pptxVIP

第三章生物信息学数据库内容提要主要的生物信息中心生物信息数据库常见序列格式数据库信息检索系统向数据库提交数据主要的生物信息中心主要生物信息中心NCBI 美国国家生物技术信息中心，National Center for Biotechnology InformationNCBI管理着GenBank、UniGene、dbSNP等数据库，提供Entrez、BLAST等数据库检索工具/EBI，欧洲生物信息学研究所，European Bioinformatics Institute1994年成立于英国剑桥，其前身为位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息部门。EBI 接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网(EMBnet)的一个特别节点。http://www.ebi.ac.uk/http://www.ebi.ac.uk/EMBnet, 欧洲分子生物学信息网建立于1988年，在荷兰注册。中国在1996年加入其成员国，EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI。//主要生物信息中心EMBL，欧洲分子生物学实验室，European Molecular Biology Laboratory主要实验室设在德国海德堡http://www.embl-heidelberg.de/http://www.embl-heidelberg.deNIG 日本国立遗传学研究所，National Institute of Genetics维护和管理日本DNA数据库DDBJ。该数据库首先反映日本产生的数据，同EMBL、GenBank有合作关系。http://www.ddbj.nig.ac.jp/http://www.ddbj.nig.ac.jp生物信息数据库生物分子数据高速增长 分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据 建立生物分子数据库 生物信息数据库生物信息数据库的特点数据库的更新速度不断加快，数据量呈指数增长趋势数据库种类的多样性。生物信息学各类数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域核酸序列数据库蛋白质序列数据库蛋白质、核酸、多糖三维结构数据库基因组数据库…….. 生物信息学概论讲义生物信息数据库生物信息数据库的特点数据库的复杂性增加、层次加深数据库之间相互引用，如PDB 与文献库、蛋白质二级数据库、蛋白质结构分类数据库、蛋白折叠库等十几种数据库直接关联数据库使用高度计算机化和网络化几乎所有的数据库都可以在国际互联网上访问有的系统则将多个生物信息数据库整合在一起，形成集成的生物信息数据库系统 生物信息数据库生物信息数据库的特点面向应用各个数据库服务器除了提供数据，还提供许多分析工具核酸数据库提供的序列搜索基因识别程序蛋白质结构数据库提供的结构比较程序结构模拟程序……… 生物信息学概论讲义生物信息数据库生物信息数据库分类一次数据库(primary database) 直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 基本数据库或初始数据库三类一次数据库基因组数据库 核酸和蛋白质一级结构序列数据库生物大分子（主要是蛋白质）三维空间结构数据库 生物信息学概论讲义生物信息数据库生物信息数据库分类二次数据库(secondary database) 对原始生物信息数据进行分析、整理、归纳而形成的数据库二次数据库种类繁多以核酸数据库为基础构建的二次数据库以蛋白质序列数据库为基础构建的二次数据库以具有特殊功能的蛋白质为基础构建的二次数据库以三维结构原子坐标为基础构建的数据库……生物信息学概论讲义生物信息数据库二级数据库 复合数据库生物信息 学数据库 工具基因组数据库染色体基因组图谱基因组作图核酸序列数据库核酸DNA序列序列测定蛋白质序列数据库蛋白质序列蛋白质结构测定蛋白质结构数据库蛋白质结构从1994年开始，牛津大学出版的“核酸研究 (Nucleic Acids Research)”每年第一期是生物数据库专辑，对每一个数据库的性质、内容和更新状况进行综合描述。http://www.oup.co.uk/nar/http://www.oup.co.uk/nar/NAR对数据库的分类(2006)DNA序列库/Nucleotide Sequence DatabasesRNA序列库/RNA sequence databases蛋白质序列库/Protein sequence databases结构数据库/Structure Databases基因组数据库/Genomics Databases (non-vertebrate)代谢与信号转导/Metabolic and Signaling Pathways人类及其它脊椎动物基因组/Human and other Vertebrate Genomes人类基因与疾病/Huma