《第03讲NCBI-PubMed检索.docVIP

第讲 NCBI-PubMed检索 PubMed内容简介 PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技信息中心（NCBI）所制作的生物医学相关文献的书目索引摘要数据库，并提供部分免费及付费全文连结服务，需要收费的全文，读者可自行与出版社接洽。 PubMed系统可用于检索MEDLINE、Pre-MEDLINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S. National Library of Medicine）最重要的才收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。 Pre-MEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。 较之于MEDLINE数据以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主，PubMed数据库范围更广，涵盖了如下内容： （1）对于超出学科范围（如：信息科学、航天科学）的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本数据库中； （2）收录即将出版的医学论文； （3）已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。 二、PubMed操作界面 主画面Part I 主画面Part II （一）选择数据库 NCBI制作了一系列的生物医学数据库如下： PubMed：生物医学文献书目索引摘要数据库。 Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB数据库中的人类基因序列数据。 Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq数据库中的数据，并可参照Taxonomy数据库，了解特定种类的蛋白质的在数据库中分类状况的相关说明。 Structure：分子构造数据库。 Genome：基因组合序列数据库。 PopSet：可查询某族群的基因序列，了解该族群演进之相关资料。 OMIM：遗传学数据库。 Taxonomy：在NCBI基因数据库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。 Books：收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、Modern Genetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。 ProbeSet：以检索的方式使用基因学诠释文献数据库。 3D Domains：以3D方式呈现细胞结构。 使用者可点选下拉式选单中欲检索的数据库名称，此外，检索栏上方的快速菜单中则选列了常用的数据库，如：PubMed、Nucleotide、Protein、Genome、Structure(即3D Domains)、PopSet、Taxonomy、OMIM、Books。 （二）关于Entrez检索系统 Entrez是一Web-based检索系统，用以检索下图所示各数据库，只要从其中一个数据库出发，可在检索结果中进行相关数据库的检索。 （三）辅助说明 PubMed数据库中备有详尽的数据库在线操作求助讯息，包括：Help、FAQ、Tutorial以便使用者自学；另有网站数据、功能异动讯息以告知使用者应注意的事项。 （四）PubMed服务项目 1、Journal Browser 藉由此功能，可以从「题名」或「ISSN」或是「Medline刊名缩写」查询期刊的出版信息。如以刊名查询「Journal of American Dental Association」，可找到期刊的基本信息如下： 点选「pISSN」中的连结可连到出版社网站；点选「MEDLINE Abbr.」中的连结可找寻该PubMed收录该期刊的文章索引。 2、MeSH浏览： 点选此功能后，在检索字段中输入欲查询的词汇，可浏览PubMed数据库中所使用控制词汇，如查询「cancer」，系统显示画面如下： a.说明在PubMed中「cancer」一词将以「Neoplasms」取代。 b.可展开Neoplasms词汇所包含的更精细的主题概念，并可勾选欲使用的主题，以布尔逻辑的方式(AND、OR、NOT)加入检索。 c.可直接将Neoplasms主题概念以布尔逻辑的方式(AND、OR、NOT)加入检索。 3、检索特定文献 使用字段化的检索方式，找寻特定刊名、卷期、作者、篇名的文献资料。 4、批次检索文献（Batch Citation Matcher） 以指令式的方式检索数