Haploview4.1要素.ppt

Haploview 4.1 功能 连锁不平衡与单倍型区域分析 单倍型在人群中的频率估计 SNP位点与单倍型关联性分析 Tagger选项:选择与评估标签SNP位点 关联分析显著性的置换检验（permutation test） 可从HapMap上下载phased genotype data PLINK全基因组关联分析检测结果的可视化 数据格式 standard linkage format completely or partially phased haplotypes HapMap Project data dumps PHASE format PLINK outputs phased HapMap data可通过Haploview直接从网上下载 .ped文件 .info文件 Haploview上的数据及图像文件都可以转存到电脑上 THANKS! 设定好你感兴趣的片段信息后，可从hapmap上下载数据信息 Haploview4.1界面 以Linkage Format格式为主进行介绍 需要导入一个.ped和一个.info格式的文件 第一列表示个体来自的家系号 第二列表示该个体标识号 第三列表示该个体父亲标识号 第四列表示该个体母亲标识号 第五列表示该个体的性别：1男2女 第六列表示该个体患病状态：0未知1未患病2患病 往后每两列表示一个 SNP位点的基因型，