计算化学141211.ppt

Gaussian 03 计算BSSE ? 构型优化是找寻极小点来预测分子体系的平衡构型。 寻找极小点的方法有很多，大多数极小化算法只能在势能面上下降，它们只能找到起始点附近的极小点，要得到更多的极小点需要从多个起点开始。 一些特殊的极小化方法可以进行上山移动找到比最近的极小点能量更低的极小点，但是没有任何一种方法能从任意一点开始找到整个势能面上的最小点。 8. 平移分子的部分基团 首先需要通过键长工具进行适当的断键和成键，从而确定待旋转的基团。然后利用键长工具分别点击待平移基团的关键原子和位置参考原子，并设定Atom 1 为“Translate group”，Atom 2 为“Fixed”，再调节键长大小既可实现平移。必要时需要添加虚原子来定位。 9. 旋转分子的部分基团 首先需要通过键长工具进行适当的断键和成键，从而确定待旋转的基团。然后利用二面角工具（有时也可能用上键角工具）分别点击待平移基团的某些关键原子和位置参考原子，并设定Atom 1 为“Translate group”，Atom 4 为“Fixed”，再调节二面角大小既可实现旋转。必要时需要添加虚原子来定义旋转轴。 10. 显示坐标轴可以更准确地添加原子 点击右键菜单可以选择显示笛卡尔坐标轴。显示坐标轴可以更准确地添加原子，比如将原子放在z 轴的方向上。 此外，值得注意的是，任何被添加的原子总是处在垂直屏幕方向