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DNA纳米机器 第一章 研究背景 DNA不仅是一种重要的生物遗传物质，而且可以在生命科学以外的领域，尤其是在信息科学、材料科学中发挥重要作用。有关DNA计算机、DNA芯片，以及基于DNA的纳米组装体的构筑及性能研究是“DNA科学”研究的热点。1992年，Drexler关于在分子水平上实现复杂机械功能的设想，是化学家和物理学家们受到了极大的启发，掀起了注入分子齿轮、分子开关、分子马达等分子器件的研究热潮。 目前，合成且可控的分子机器系统的组装是纳米技术的目标之一，而且分子器件的机械移动控制在几个体系中，如索烃，手性光学分子开关，分子齿轮等已经可以实现。实际上，在人体中也存在很多的天然纳米马达，通过完成各种不同的精细的动作来帮助保持细胞的结构和功能。 DNA纳米机器是指由DNA分子构造的能行使一些机械动作和功能的分子自组装器件。DNA纳米机器的研究可能对如下一些领域产生重要影响，包括显微外科手术、非病毒基因传递，靶向给药，细胞内物质输运，甚至纳米尺度的装配线等。其运转的基础是DNA不同结构或构象间的可控转化。从转化的控制条件大体上可以分为两大类：一类是基于链交换反应的装置，即利用DNA双链互补配对的性质，将特异性的DNA单链作为燃料来驱动DNA机器的结构变化。第二类是环境刺激响应的装置，这类分子机器的构象取决于溶液的环境条件，如PH值或某种离子的浓度等。因此通过加入酸、碱、盐等方法改变溶液的环境条件即可驱动机器的运转。 第二章 基于链交换反应的DNA分子机器 对于链交换反应，人们可以利用DNA千变万化的序列设计出结构更为复杂多样，功能更为强大的DNA分子机器甚至分子工厂。 2.1 DNA分子镊子 2000年，Bell实验室Yurke和Turberfield等成功构建了一个以DNA为“燃料”（DNA-fuelled）的DNA分子机器。在该分子机器中DNA不仅作为构筑材料，而且还作为机器的“燃料”。如图1所示，该机器是由等当量的3股DNA单链A、B、C组成。呈现一个镊子的结构，因此成为DNA （a） （b） 图1 DNA分子镊的结构和运转过程 （a）由A、B、C三段DNA组成的镊子主体结构 （b）镊子在不断加入燃料分子F、的情况下闭合和打开的过程 分子镊。A股是由两个18碱基序列区域组成的，这两个区域分别与B股和C股的末端通过碱基序列互补形成刚性的双臂。作为镊子主体的A股序列，其两端修饰了荧光分子和淬灭基团作为镊子闭合或打开的指示信号。当加入F单股，使其分别与B股和C股的自由碱基杂合配对，就使得这个分子机器呈现关闭状态，这时镊子是闭合的。在这里。F单股充当“燃料1”的作用，同时F股还有8个碱基是没有配对的。再加上消除股，它是F股的互补链。等当量的F股和股杂合，形成双螺旋的F-，这样F股就被股从该分子机器移去，从而该分子机器又回到了打开的状态。 用 DNA作为燃料允许在纳米尺寸上精确控制移动，而不需要扫描针尖的推动或其它的外力。它可以引入带有光学、 生物和电子功能的基团以增加该器件的功能。 2.2 DNA转动装置 同样利用DNA燃料和链交换反应，Seeman等设计出一种更为复杂的转动装置（rotary device）。该装置能够在两个稳定状态之间转换，其工作周期由4个步骤组成。这两个稳定的状态是平行交叉PX DNA和它的拓扑异构体JX2 DNA。PX DNA是由4个单股链组成的，两个长链和两个短的“控制”单链1，两个平行的双螺旋分子通过链的相互交换连接在一起，在A、B、C、D四端接着4个发夹环。JX2 DNA是PX DNA的拓扑异构体，它在中间少了两个交换点，由另外两个短的“控制”单链2以非交叉的形式加以稳定。“控制链1”和“控制链2”分别可以和“燃料链1”与“燃料链2”形成更为稳定的双链结构从而脱离机器主体并使机器处于中部没有结构的中间体构型，因此，通过 （ “控制链1”—“燃料链1”—“控制链2”—“燃料链2” ）n的循环加入就可以实现分子机器的旋转运动。（图2） 图2 DNA转动装置 装置的两种状态；（b）利用链交换反应驱动两种状态间的转换 I.加入燃料链1；II.加入控制链2；III.加入燃料链2；IV.加入控制链1 2.3 DNA分子定向运动装置 2004年，Pierce和Shin设计出一种利用DNA作为结构物质和燃料物质的行走装置。如图3所示，该装置有一条双链DNA轨道，轨道上伸出4条单链DNA的锚点，4个锚点的序列各不相同。这个装置的“行走着”有着双链的“身体”部分和两只序列不同的单链的“脚”，研究者只需要设计出4条“控制”序列使得他们的头尾两端分别与“行走者”的脚和锚点序列互补，再设计出4条与“控制”序列完全互补的“燃料”序列用于将其交换出