分子系统学新进展汇总.ppt

一、系统学的基本科学问题和学科发展现状 系统学的三大基本科学问题 是否共祖？ 单系性问题，单系性检验 单系群谁与谁关系最近？ 姐妹群问题，系统发生分析 单系群何时何地如何发生？ 起源时间、地点和进化机制问题，分子测年，实验验证 实例：人类的单系性 人类的姐妹群 人类的起源与进化 基因组标记提供了生物全时程研究手段 真正的整合系统学时代到来了 从个体到生命总树的生物全时程整合 从群体到生态系统的整合 所有分类单元的整合 生命结构层次的整合 个体-种群-物种-群落-生态系统 时间尺度的整合 可以分析整个生命史时段：从几分钟到30亿年 空间尺度的整合 地区 大陆 全球 微进化水平的整合生态-地理-群体遗传 分子群体遗传学；景观遗传学 分子生态学；谱系群落学 分子生物地理学、谱系生物地理学 大进化水平的整合 分类学研究 系统发生 分歧年代估计 生物地理假设 生态位建模 群体历史与环境变迁 群落系统发生 时空四维演化推论 宏进化水平的整合 分类单元的整合 复合系统学（metasystematics） The convergence of next-generation sequencing and DNA barcoding has sparked a golden age of ‘DNA metasystematics’, allowing researchers to understand the biodiversity of an entire ecosystem solely through DNA information, and transforming the way we view the living world around us. 二、高通量分子系统学技术 1. 谱系组学技术 2. 复合组学技术 3. 复合条形码技术 4. 环境DNA技术 5. 谱系芯片技术 (1) 谱系基因组学Phylogenomics 谱系基因组学是指基因组水平上进行的大规模系统发育分析，这里的基因组水平可以包括全基因组的DNA序列、转录组数据、蛋白质组序列、代谢途径、基因含量、基因排列次序等信息。 NGS测序分类 测序水平： 单细胞测序 单倍体测序 个体测序 物种测序 基因组测序计划 基因组测序物种包含已经完成的4180种、正在进行的17703种和计划进行的1500种。其中规模和影响较大的计划有： 脊椎动物10K计划 鱼纲10K计划 昆虫纲i5K计划 基因组测序完成情况 脊椎动物基因组测序计划 昆虫基因组测序计划 谱系基因组学发展趋势 目前谱系基因组学分析正处于从思想到方法上的大转变时期，尽管基于序列进化模型的以直源基因为单位的分子系统发生学方法仍然占据主导地位，但基于基因组进化模型的以基因家族为单位的谱系基因组学新方法已经出现，并将逐渐发展成为整合序列和基因组2个水平进化模型的方法。 基因组水平的进化改变包括基因拷贝数变异，基因水平转移，基因丢失，基因重组，全基因组融合和复制等。这些进化改变的概率模型构建及应用是当前谱系基因组学理论研究的热点。 新一代高通量测序（NGS）技术 新二代高通量测序技术 各种二代高通量技术——大规模、自动化、工业化。 第三代高通了量测序技术 单分子测序技术：样品用量少；速度快；节省费用； 全基因组数据类型 WGS de novo WGS resequencing WGS scalfold Restriction Digest-based Methods CRoPs (Van Orsouw et al. 2007) RAD‐seq (Baird et al. 2008) Modified CRoPs (Gompert et al. 2010) MSG (Andolfaao et al. 2011) GBS (Elshire et al. 2011) Modified GBS (Parchman et al. 2012) ddRAD‐seq (Hohenlohe et al. 2012, Peterson et al. 2012) Modified GBS (Poland et al. 2012) SBG (Truong et al. 2012) 2b‐RAD‐seq (Wang et al. 2012) 全基因组数据信息 Exon——Amino acid ncRNA Intron UCE TE InDel 从基因组序列到物种树的2条途径 基于传统分子系统发生分析的谱系基因组学研究策略 基因谱系的溯祖 谱系转录组学Phylotranscriptomics 基于转录组数据的系统发生研究 谱系转录组学流程 转录组从头组装：Trinity