华大基因研所暑期实习总结.ppt

华大暑期实习总结 Outline 对华大认识 必备7种能力 Perl学习 Linux系统安装、学习 常用生物软件使用 文献查找与阅读 对有志于华大的同学提一些建议 附：简历制作、面试经验 对华大认识 之前对华大认识存在一些偏差，主要有： 1，以为华大“财大气粗”，华大最厉害之处是靠这些昂贵的测序仪器，提供测序服务； 2，以为华大员工中作出突出贡献的都是一些鬼才、怪才、天才。 对华大认识 来到华大后，听了不少介绍华大的讲座，对华大事业单位的性质 、独特的经营模式、创新培养人才理念有个认识，华大敢走常人不敢走之路，引领国内基因组研究，这在国内是很罕见的。现消除之前对华大认识的一些偏差： 1，华大最大优势不在于测序能力，而在于强大的分析能力，有自己独立研发的分析软件SOAP。华大精明之处在于扬长避短。我国测序仪器开发起步晚，发展慢，在国际上没有竞争力。因此，华大避开走研发测序仪器这条路，而采用美国先进测序仪器，将重点放在生物数据的分析上，并想通过建立基因与健康（疾病）之间关系的数据形成自己的下一步核心竞争力。 2，天才只是个例，华大主要队伍还是勤奋、肯努力奋斗的人。就连领头羊李英睿自己都曾说，假如不是李英睿，也一定会有另一个人来代替他的角色。科学特种兵团在工作中的价值是：让每一位员工都觉得自己是重要的，但又不是不可替代的。 对华大认识 理念：解读生命奥妙，谱写生命华章， 体验精彩人生 氛围：大学校园氛围 ，亲和、自由、朴实、严谨 、 高效、紧张、压力。 人：朴实、没架子 ，可以自由请教问题 食住：自助餐大锅饭，4人宿舍，有班车接送 招聘：1/3来自名校， 1/3重点工程学校， 1/3普通学校（我们的属于普通学校） 有数据才是硬道理，编程是为数据分析服务 对华大认识 研究领域涉及交叉学科，聚集物理、化学、生物、数学、计算机等年轻有为的精英。 在特种兵团干得出色的专业排行榜： 1，物理。（综合能力强，重实用） 2，生物。（有扎实生物基础知识，会写基本程序，可以分析解释数据） 3，数学。（容易不切实际，简单事复杂化） 4，计算机。（会学程序，但不会用生物知识解释） 必备7种能力 在特种兵团必备的7大武器： 生物基础知识 《基因的分子生物学》 计算机能力 （Perl,R） 数理统计背景（T检验，卡方分布，多元统计） 英语 文献阅读能力 团队合作（多沟通、交流） 个人努力（化压力为动力、勤奋） Perl学习 Perl在Windows下运行：安装Perl，打开“运行”，输入Dos命令“cmd”，把perl程序放在所示路径下“C:\Documents and Settings\Admistrator”，输入perl +“程序名（.pl后缀)”，回车即可运行 教材：东南大学出版社Perl第五版，答案在英文版第5版 重点：哈希Hash，正则表达式 （前5张是基础，练习选做，hash、正则练习全做、第9章以后可不用看） Perl学习 实战：实践_编程题.rar，附有答案，做完再对 空余，还可自学R作图，shell命令， 2010 Computational Phyloinformatics Course Wiki（华大内部培训资料） Linux系统安装、学习 由于没有大型机账号，我们在windows下安装Linux：VMware（虚拟机）+ubuntu（Linux系统） 步骤：打开VMware-workstation-full-7.1.0-261024.exe，安装，密码在vmware7keygen.rar解压后vmware7keygen.exe中，重启后，打开，勾第2框，导入ubuntu-10.04-desktop-i386.iso安装（硬盘大于20G），skip表可跳过。约30min。 操作：在application-/-terminal（终端）运行，perl+程序名,回车，运行。 Linux系统安装、学习 Ubuntu提供windows操作界面及Linux，在练习过程中尽量使用Linux命令，因为Linux具有无比优点：稳定，高效，免费，开源，安全，多任务、多用户等 Vi（Linux常用文本编辑器）常用命令学习：vi+“文件名”，即可创建一个vi操作文件，常用命令在网上可搜索 Linux常用命令学习 常用生物软件使用 阅读《常用生物软件使用》。在Linux系统下安装使用这些软件不太现实（所要下载软件太大，电脑内存太小）的话，重点看原理、简介部分。 熟悉3大数据库使用（NCBI，EMBL、DDBJ），掌握BLAST，熟悉blast m8格式，GenBank格式，fasta格式， MEGA等 对当前测序原理和方法有个了解