应用NCBI查找连续的mRNA(含内含子)cDNA蛋白序列..docx

1．进入NCBI 主页：/在search 后面选择Gene，在for 后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：点击“Go”，出现以下界面：出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的大鼠CTGF 是标号为3的序列。点击序列3的ctgf出现页面如下图所示（部分页面）：?2.1 查找cDNA 序列2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示：2.1.2 点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）：2.2 查找mRNA、蛋白序列回到步骤1 点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面(只抓取相关部分，即页面的下半部分，即可以获取mRNA 和蛋白序列的部分)：找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein 下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA 序列：其中包括了翻译的蛋白序列蛋白序列如下：NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是Genomic ，点击Genomic 下面Reference assembly 对应的Genbank 或FASTA 即可出现编码的DNA 序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。这样我们就可以找到基因的cDNA 序列、连续的编码mRNA 序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA 序列了。相信这些操作对很多人还是有用的。2.3 查看蛋白质的三级结构如2.2 查找mRNA、蛋白序列中的图1所示（见下图），点击NP_071602.1出现另一界面（见下图）：点击Conserved Domeins即可显示蛋白质的三级结构（见下图）：