棗树cDNA文库EST序列的生物信息学分析.docVIP

枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析 【摘要】：壶瓶枣(ZiziphusjujubaMillhupingzao)主要产于我国山西省的太谷、清徐、榆次和太原等地。它树势强健,树体高大,具有结果早、丰产、稳产、抗旱、抗寒、耐涝、耐盐碱、在山川或平地均可生长等特点。以壶瓶枣结果枝为研究材料,不仅有利于阐明枣树生长发育和生物基因表达的分子机理,还能为枣树品种的分子生物学改良奠定理论基础。本研究以壶瓶枣结果枝为研究材料,通过筛选结果枝cDNA文库,获得了867条EST序列。将这些EST测序,进行相关的功能注释,并以此为基础,对枣树的EST-SSR进行了发掘和特征分析,并对枣树核糖体蛋白家族及亲环素蛋白进行了相关的生物信息学分析。1、枣树cDNA文库EST的功能注释与分析：通过枣树生长初期结果枝DNA文库的部分筛选,获得了2633个阳性克隆,经酶切鉴定得到1061个cDNA插入片段。将867个长度在500bp以上cDNA插入片段进行测序,得到736条EST的有效测序结果,进行功能注释后获得439条具有注释信息的EST序列,比例为59.65%。在这些EST中既存在有大量的涉及生长发育、物质和能量代谢等方面的基因,如组蛋白、核糖体蛋白、6-磷酸葡萄糖脱氢酶、udp-葡萄糖脱氢酶、NADH脱氢酶、琥珀酸脱氢酶、焦磷酸酶、丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶、脂质转移蛋白等；同时还有一些可能与枣树抗寒、抗旱、抗逆性强密切相关的基因,如超氧化物歧化酶,2-cys过氧化还原酶,过氧化物酶,抗坏血酸过氧化物酶,玉米黄质环氧化酶,shaggy蛋白激酶,亲环蛋白,铝诱导蛋白,富含脯氨酸蛋白等。2、枣树EST-SSR的发掘与分布特征研究：通过对枣树607条非冗余EST序列的SSR搜索,得到了109个SSR位点,占全部EST总数的17.96%。607条非冗余EST序列的碱基总长度为460523bp,平均每4.22kb出现1个SSR。对各类型的SSR出现频率进行统计,结果显示：在枣树EST-SSR的各类型中,二核苷酸重复类型占主导地位,其频率为9.23%,占SSR总数的51.38%。其次的三核苷酸重复和六核苷酸重复类型,其频率分别为3.46%和2.47%,总共占SSR,总数的33.03%。在枣树EST-SSR各类型重复基元中二核苷酸重复基元发生频率最高的是AT/TA(3.95%);三核苷酸重复基元中,AGA/TCT出现的频率最高0.66%),四、五、六核苷酸重复基元中各重复基元的发生频率差别不大,其中,AAAG/CTTT、TATTT、TTATT、CCATGA、TGTTTG这五种类型比例相对较高。3、枣树核糖体蛋白的生物信息学分析：通过对枣结果枝核糖体蛋白家族中的29个成员进行了生物信息学分析,发现29条核糖体蛋白都属于可溶性蛋白,分子量在6430.49Da-34781.22Da之间,除了50S核糖体蛋白L12为弱酸性外,其余的全部呈碱性。预测29种核糖体蛋白的二级结构发现它们都是由α-螺旋、无规则卷曲、p-转角和延伸链四种二级结构元件构成。通过对它们的潜在磷酸化位点的比较发现,定位于叶绿体中的核糖体蛋白的磷酸化位点数整体上高于细胞核中核糖体蛋白的磷酸化位点数。通过对29个核糖体蛋白进行亚细胞定位,我们发现枣树核糖体蛋白在枣树的细胞核、细胞质、叶绿体基质、叶绿体类囊体膜、微体(过氧化物酶体)中的分布概率分别为：65.52%、17.24%、6.90%、6.90%和3.45%。结合其氨基酸系统进化树,可以发现在10对位于同一进化分枝上的核糖体蛋白中,有6对具有相同的亚细胞定位结果,有4对具有不同的亚细胞定位结果。4、枣树亲环素蛋白的生物信息学分析：通过筛选枣结果枝cDNA文库获得了一条具有完整ORF的枣亲环素蛋白EST序列。经生物信息学分析发现,该序列的ORF全长为525bp,编码174个氨基酸,分子量为18.30kDa,pI为8.37。与甜橙、陆地棉、橡胶树、美洲山杨、洋地黄、地中海白松、油棕、拟南芥的9种植物的亲环素蛋白进行多重比对,发现它们具有较高的同源性性。通过构建系统进化树,发现枣亲环素蛋白与甜橙亲环素蛋白的亲缘关系比较近。进一步研究发现,该亲环素属于亲环素A,没有跨膜区域和信号肽,属于可溶性蛋白,存在有少量的潜在磷酸化位点,具有PPIase催化结构域。其二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,其三级结构与棉花的亲环素蛋白相似度很高,具有高度的保守性。【关键词】：枣树cDNA文库筛选功能注释EST-SSR核糖体蛋白亲环素蛋白 【学位授予单位】：山西大学 【学位级别】：硕士 【学位授予年份】：2013 【分类号】：S665.1 【目录】：中文摘要10-12Abstract12-15引言15第一章概述15-241.1枣树分子生物学研究进展15-161.1.1枣树基因的克隆及