分子动力学模拟的Lammps实现剖析.ppt

第五讲 分子动力学模拟的Lammps实现 A.常用分子动力学模拟程序 NAMD：免费，/Research/namd/ 主要针对与生物和化学软材料体系，程序设计水平高，计算效率高。有很好的分析辅助软件VMD。 AMBER 主要针对生物体系，也适当兼容一般化学分子。有很好的内置势能模型，自定义新模型和新分子很方便，有很完善的维护网站。计算效率不高运算速度慢。 CHARMM / 主要针对生物体系，也包含部分化学体系。势能模型更新很快自定义新模型比较方便。计算效率低。 A.常用分子动力学模拟程序 GROMACS 免费 / 主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。 TINKER 免费 /tinker/一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。 DL-POLY http://www.cse.clrc.ac.uk/msi/software/DL_POLY/ 一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好. A.常用分子动力学模拟程序 LAMMPS 免费 / 一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。 Materials Expl