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欧洲医药化学杂志 原创的文章 设计有效的领导对HIV-1逆转录酶抑制剂的虚拟筛选研究 GVK生物信息学，私有公司，37英镑的600034路，钦奈，泰米尔纳德邦，印度 药学系，Birla技术研究所，去年，兰契，印度 e.g.s.pillay药学院，老纳戈雷路纳格伯蒂讷姆611，002，城市，印度 生物统计系，密歇根大学，安阿伯，美国 文章历史： 收到2010一月31 在修订的形式收到 16十二月2010 接受2010十二月22 在线提供9一月2011 关键词： HIV-1 逆转录酶抑制剂 三维定量构效关系 对接 药效团 深成 人类免疫受抑性病毒（HIV）?是逆转录病毒，可以导致获得性免疫受抑?缺乏综合症（艾滋病），一个条件在人类的免疫系统开始衰退，导致危及生命的机会性感染，导致渐进性CD4?T淋巴细胞和必然崩溃t毁灭免疫功能[ 1 ]。HIV周期包括六个步骤包括：（1）结合与融合（2）反转录（3）界面—光栅（4）转录（5）装配（6）萌芽。虽然新抗HIV抑制剂正在开发新型抑制剂，仍寻求[ 2,3 ]。逆转录酶（RT）是一种DNA聚合酶负责双链DNA复制的生产单链RNA基因组包含在HIV-1病毒粒子和目标控制HIV-1病毒复制。目前，抗逆转录酶，已收到FDA批准的抗逆转录病毒药物的核苷/核苷酸类似物反逆转录酶抑制剂（NRTIs）和非核苷类反逆转录酶抑制剂（NNRTIs）。不同的核苷/核苷酸—潮汐模拟逆转录酶抑制剂（NRTIs）是齐多夫定（ZDV），去羟肌苷（DDI），司他夫定（d4T），拉米夫定（3TC），ABA—cavir（ABC），替诺福韦酯（TDF），恩曲他滨（FTC）和非核—侧模拟逆转录酶抑制剂（NNRTIs）包括奈韦拉平（NVP），地拉韦啶（DLV），依法韦仑（EFV）[ 4 ]尽管这些抑制剂的有效性，许多不良的影响从轻微到致命（肌病）在某些情况下，胰腺炎， 肝功能衰竭和乳酸性酸中毒[ 5 ]。除了副作用，HIV应变发生突变，使其耐药物或一种药物组合[ 6 ]。一个数的定量构效关系及药效研究已报告的HIV逆转录酶抑制剂【7e15?]。虚拟筛选（VS）是生物计算模拟筛选[ 16 ]。VS的主要目的是帮助药物化学家?LTER出不动从化合物库之前走在前面的合成[ 17 ]。本研究的目的是产生潜在的铅化合物的模拟为基础的设计研究使用三维定量构效关系 *通讯作者。GVK生物信息学，私有公司，37英镑600034路，钦奈，泰米尔纳德邦，印度。电话：91传真：tt4466293000；914466293199。 电子邮件地址：vadivelan@（S.?vadivelan）。0223-5234 / $ E看到前面的问题2011：马松SAS。保留所有权利。 DOI: 10.1016/j.ejmech.2010.12.022s vadivelan等人。/欧洲药物化学杂志46（2011）851e859 图1。（一）对HIV-1逆转录酶抑制剂的分子场分析?网格点。（B）的最活跃的分子，MFA的网格点立体视图（分子13，pIC50?8.57）。（C）的最小活性分子57stereo?MFA网格视图（分子34，pIC50?3.45）。 表1 分子数据集用于3D-QSAR研究。 和基于知识的方法pharmacophoremodels，然后采用有效的逆转录酶的分子设计抑制剂和这些分子的活动预测定量构效关系及药效团模型。设计新的抑制剂—并进一步进行对接研究减少误报。我们已经确定了，提出了一些新颖?潜在的铅分子作为逆转录酶抑制剂的使用基础研究和结构模拟。 2。结果与讨论 2.1。3D-QSAR模型 训练集的36种分子[ 18 ]最好的模型开发（方程（1））使用面积和结果列。 一个相当不错的R2rxv和2上述方程的值表明，该方程可用于预测活动合理准确的分子。MFA的网格点对逆转录酶抑制剂和分子13和341aec显示在图。出现[?230?]?Ht与负?有效系数表明，吸电子的存在在R3的位置将降低分子活性。的?正系数系数CH3?/ 506描述表示笨重取代—随后像元取代苯基环连接结构集团预期更有利的改善活动。在317和230表明网格点的静电相互作用—表明，带正电的替换是重要的提高活动，而体积大的基团取代该地区附近（由网格点510表示）上的负面影响活动。许多茴香醚，苯甲硫醚，苯和其他替代—并解释这种功能。然而，延长替代三圈，元或对位取代消极的漫长对活性的影响。本研究模型的预测能评价通过预测试验的生物活性组分子。 ?正系数系数CH3／506的出现标志着大的团体在这一地区的青睐。化合物13目前该地区附近的甲基基团，因此具有更高的活性比H原子或吸电子基团在这一地区。这是真正的许多其它分子如3839表1.ifatch3/506吸电子基团现在，他们有一个低的活