Materials studio 简单教程.pptxVIP

计算材料学materials studio3.创建反应物和生成物分子模型2.模型几何优化计算4.动画演示反应过程5.使用LST/QST计算分子的过渡状态1.创建CH3F分子模型6.振动分析1、创建CH3F分子模型（1）创建新文件在菜单上选择File / New Project，新建文件，设置文件名为LSTQST后单击OK。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中。单击工具栏中的 按钮，选择3D Atomistic 然后点击确定。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中，名称为3D Atomistic.xsd。（2）设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ，打开 Default Atom Style 对话框。在Display Style中选择Ball and stick 。点击 关闭对话框。 这样在本project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick。（3）绘制CH3F分子点击工具栏中的 ，选择C原子 ，并绘制单个C原子，然后点击 ，自动添加H原子，然后点击 ，并选中任意一个H原子，选择Modify / Modify Element / Periodic Table，选择F元素。这样就把选中的H原子换成了F原子， CH3F分子绘制成功。点击 ，得到合理的初始配置。（4）文件重命名选中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd，在其上单击鼠标右键，选择Rename ，将名称改为methylfluoride，其文件名变为methylfluoride.xsd。2、模型几何优化计算点击工具栏中的 ，选择Calculation，在setup选项中，将Task由Energy设置为Geometry Optimization ，Quality由Medium设置为Coarse，Function保留系统默认值： LDA 和PWC，然后点击Run。3、创建反应物和生成物分子模型 双击打开methylfluoride DMol3 GeomOpt文件夹中的methylfluoride.xsd，利用CTRL + A 和CTRL + C全选并复制所有原子。然后右击文件名，选择New/3D Atomistic Document，创建新文件后， CTRL + V 复制所有原子到该文件，并重命名为SN2reactant.xsd 。（1）添加第二个F原子 点击 按钮，选择Periodic Table中的F原子，选中已有C原子，添加一个与已有C-F键位置相对的C-F键。然后点击 ，选择Distance，选中C原子，左键拖拽新添加的F原子，调节C-F键的键长为3??。（2）删除新C-F键 点击 按钮，按住Ctrl键，选中C-F键和标注的键长，然后按Delete键。选择File / Save Project保存文件，然后选择Window / Close All，关闭所有Project Explorer窗口。（3）创建生成物 跟前面一样，创建新的文件，取名为SN2Product.xsd，然后复制SN2reactant.xsd的模型到该文件。4、动画演示反应过程 在菜单栏选择Window/Tile Horizontally，把两个分子模型放在同一窗口，旋转两个分子，使没有键结构的两个F原子一个在左边，一个在右边。 （1）反应物、生成物原子匹配 在菜单栏选择Tools / Reaction Preview，打开Reaction Preview 对话框，分别选SN2reactant.xsd 和SN2product.xsd 作为反应物和生成物。点击Match按钮，将反应物和生成物的六个原子的分别相匹配。（2）参数设置 将Number of frames 设置为25，勾选Superimpose structures，点击Preview，预览后关闭窗口。 选择菜单栏的Build / Bonds ，打开对话框，在键和形式中勾选Monitor bonding。然后关闭对话框。（3）生成动画 点击 按钮，选择Bounce，然后点击 按钮，播放动画，点击 ，动画停止播放。5、使用LST/QST计算分子的过渡状态 点击 ，选择Calculation，打开对话框，在Setup选项中，Task选TS Search，Functional为默认值，Charge值设为-1；在Electronic选项中，点击More，进入另一个对话框。 在SCF选项中，勾选Use smearing；在Orbital