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基于Java的有机化学三维模型库构建 　　摘 要：提出了基于Java构建有机化学三维模型库的方法，以我院本科《有机化学》课程为基础，建立了一套有机分子结构与反应的三维模型库，并采用通用的关系数据库Oracle对模型库进行管理，通过JChem Base工具提供分子结构和模型的检索功能。 　　关键词：有机化学；分子式；三维模型；关系数据库 　　DOI：10.16640/j.cnki.37-1222/t.2016.10.043 　　1 前言 　　近年来，在有机化学课程的教学改革研究中，着重于对课程建设和教学内容及组织结构的研究[1-2]和基于网络的自主学习平台的研究[3]，但课程内容和教学手段的创新却不够，很多网络学习平台也是新瓶装旧酒，仍然采用比较传统的一些学习资料和课件。但传统教学中用语言和板书很难直观明了地向学生讲解有机物分子的三维结构。多媒体课件集有机分子三维结构模型、反应历程动画等于一体，可生动、形象地向学生展示有机分子的三维结构和反应历程[6]。因此，有机化学教学过程中三维模型和构建与应用，可以促进教育教学改革和发展，提高教学质量，培养高素质的专业人才，是当前和今后一段时间内教育教学改革和发展的必然趋势。 　　本文采用基于Java的化学建模工具Marvin suite，以我院本科《有机化学》课程教学需求为基础，建立一套有机分子结构与反应的三维模型库，并该模型库支持分子结构和反应的导入导出和查询功能，可用于教学多媒体课件和网络学习平台。 　　2 有机分子结构的三维模型库构建 　　2.1 三维模型构建流程 　　有机化合物主要按官能团的不同进行分类。可根据官能团的不同，建立各类化合物代表物的3D模型。如烃类的甲烷、乙烯，乙炔，1.3-丁二烯、苯等；卤代烃、醇、酚、醚；含杂原子的杂环化合物；葡萄糖、氨基酸、蛋白质等等，这些代表物的3D模型有助于教师对它们的结构和性质的讲解，同时，促进学生对这些化合物的理解。 　　首先，可以采用MarvinSketch或者Chemdraw等常规分子式绘制工具绘制化学分子式，然后将其文件格式转换成SMILE字符串，将此字符串导入数据库中存储已方便使用时查询。需要应用时，可通过分子式或者SMILE字符串进行查询后，将对应的分子式导出到MarvinSpace软件中，利用其强大的3D渲染功能构建需要的三维模型。MarvinSpace是一套高性能的可用于显示和操纵大分子的三维可视化工具，其支持molfile、SMILE等各种文件格式，用户可以在三维视图直接进行操作，提供高质量的3D可视化分子式。生成的三维模型可以直接截图到PPT中使用，或者在MarvinSpace环境中进行现场教学，对分子式进行旋转、键角测量和元素分析等工作，给学生直观的分子分析体验。 　　以乙酰乙酸乙酯为例，其构建步骤如下： 　　（1）绘制乙酰乙酸乙酯的分子式如图1中的左图；（2）导出SMILE文本格式；（3）3D渲染效果如图1中的右图。 　　该分子式导入数据库，可直接采用SMILE文本格式的形式存入关系数据库的数据表格中，该字符串形式表示的分子式，可以方便的使用数据库的查询功能进行管理和查询应用。 　　2.2 数据库设计与实现 　　由于三维模型图片存储数据量大，效率低，不便于查询，因此，可以采用化合物的SMILE格式文本来存储化合物模型作为索引，通过MarvinSpace即可在使用时将SMILE文本自动转换出三维模型，这样便于大量化合物信息的存储和管理，同时又能随时导出三维模型图。数据库设计了2张表格来存储有机化合物的信息和相关类别的信息。本项目采用Oracle 11g R2来进行数据库的创建和管理，将上节建立的三维模型导入数据库中进行集中存储，在需要使用的时候，提供查询和导出功能。数据库中数据字典设计如表1，表2。 　　2.3 数据库的管理与连接 　　采用ChemAxon公司的JChem base和JChem Oracle Cartridge可以实现Oracle数据库的管理连接和三维库的管理操作，其系统管理界面如图2。 　　3 小结与讨论 　　本文首先采用ChemAxon公司的基于Java的Marvin系列建模工具（MarvinSketch和MarvinSpace等），根据有机化合物的分类方法中按官能团分类，建立其各类官能团的代表物及其相关反应的三维模型。然后，采用ChemAxon公司的JChem系列工具，将创建的模型存储与常见的关系数据库中，这样，通过关系数据库的SQL操作，可以支持三维模型的关系数据库检索、查询等。构建的三维模型库具有以下优点： 　　（1）采用基于java的专业化学建模工具对分子结构和反应进行建模，简单快速； 　　（2）创建的模型采用普通关系数据库进行管理，并支持导