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癌症研究概览1：简介摘要：近年来，新一代测序技术已日渐成为癌症研究中的宝贵工具。它能够以单碱基分辨率分析基因组畸变，也能在相同的设备上测定表达水平、剪接变异体、非编码RNA、DNA甲基化以及蛋白与核酸的相互作用。所有这些信息综合起来，第一次为我们呈现了肿瘤分子生物学的全景视图。本专题精选了近期发表的一些论文，它们代表了Illumina技术在癌症研究各个领域中的成功应用。 癌症是一种基因组水平的疾病，且相当个性化。每个人出生时都带有独特的基因组，它决定了患上癌症的风险，而且一旦疾病被触发，接下来会迅造成其他独特的基因组畸变。肿瘤往往混合多个细胞类型，典型的临床标本混有肿瘤和正常组织，这又进一步增加了研究的复杂度。因此不难理解为什么标准的诊断方法有时会分不清癌症，因为它们依赖明确的表型和大的群体。癌症研究的实质性进展取决于那些能够检测这些基因组畸变，并让我们对这些信息能够快速可靠地解释的研究工具。新一代测序技术以单碱基分辨率分析基因组畸变的能力让它成为一种多功能的基因组分析工具，很好地迎合了这一挑战。此外，它还能够以相同的设备测定表达水平、剪接变异体、非编码RNA、DNA甲基化以及蛋白与核酸的相互作用。所有这些信息综合起来，第一次为我们呈现了肿瘤分子生物学的全景视图。如今，新一代测序技术不再遥远、价格适中且稳定可靠。由于其极为卓越，故目前发表的研究仅仅是此技术真正潜力的一隅。未来的研究将采用更大的样本群，以提供统计学上可靠的关联，并逐步构建完整的突变数据库。剩下的挑战将是学习如何阐释标志物，这样医生就能够在合适的时间为合适的患者提供合适的药物。癌症是一种基因组水平的疾病，新一代测序技术可潜在影响癌症治疗的每一步。综述:Longo, D. L. (2012) Tumor heterogeneity and personalized medicine. N Engl J Med 366: 956-957Weigelt, B., Pusztai L., Ashworth A. and Reis-Filho J. S. (2012) Challenges translating breast cancer gene signatures into the clinic. Nat Rev ClinOncol 9: 58-64Green, E. D., Guyer M. S. and National Human Genome Research I. (2011) Charting a course for genomic medicine from base pairs to bedside. Nature 470: 204-213McDermott, U., Downing J. R. and Stratton M. R. (2011) Genomics and the continuum of cancer care. N Engl J Med 364: 340-350Stricker, T., Catenacci D. V. and Seiwert T. Y. (2011) Molecular profiling of cancer--the future of personalized cancer medicine: a primer on cancer biology and the tools necessary to bring molecular testing to the clinic. Seminars in oncology 38: 173-185癌症研究概览2：风险预测摘要：　　关于癌症生物标志物的发现已发表了很多文章。随着新一代测序的出现，新发现的生物标志物数量会呈现爆炸式增长。国际相关联盟正在收集更为全面的标志物与癌症突变列表，如癌症基因组图谱（TCGA）、国际癌症基因组联盟（ICGC） 和癌症体细胞突变目录（COSMIC）。 关于癌症生物标志物的发现已发表了很多文章。随着新一代测序的出现，新发现的生物标志物数量会呈现爆炸式增长。国际相关联盟正在收集更为全面的标志物与癌症突变列表，如癌症基因组图谱（TCGA）、国际癌症基因组联盟（ICGC）和癌症体细胞突变目录（COSMIC）。风险标志物或遗传易感性是在生殖细胞系中找到的。生殖细胞系指的是个体遗传自父母，反过来又会传递给子女的遗传物质。一些癌症的易感性可以遗传，而这些癌症通常可在发病早期确定。一些类型的乳腺癌和结肠癌就是个例子。基于芯片的全基因组关联研究（GWAS）或连锁研究可以有效捕获这些标志物所在的区域。然而，测序通常是发现致病基因所必需的。在人的一生中，生殖细胞系标志物只需确定一次，是早期筛查的良好候选标记。预后标志物是以疾病发展过程中肿瘤所获得的体细胞