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CO吸附在Pd（110）面 目的：介绍用CASTEP如何计属表面上的吸附能。 从菜单栏中选择View | Explorers | Properties Explorer，选择FractionalXYZ中X=0.5，Y=0.5 的Pd原子。注意从XYZ属性中所获得的Z的坐标值。 Z的坐标值应为1.396 ?，此既为原子层间的距离。 注意：一个fcc(110)体系，do 可通过下列公式得到： . 在弛豫表面之前，如果仅仅是只需要弛豫表面，我们必需要束缚住内部Pd原子。 按住SHIFT键选中所有的Pd原子，不包括最高层的Pd原子。从菜单栏中选中Modify | Constraints，勾选上Fix fractional position。关闭对话框。 则刚才所选中的原子已经被束缚，我们可以通过改变显示的颜色来看到它们。 在3D模型文档中单击以取消所选中的原子。右键单击选择Display Style，在Atoms标签的Coloring部分，把Color by选项改为Constraint。3D模型文档显示如下： 把Color by选项再改为Element，关闭对话框。这个结构用来做Pd(110)表面的弛豫，它同时也是优化CO 分子在Pd(110)表面的起始模型。 从菜单栏中选择 File | Save As...，把它导引到Pd(110)文件夹中，改文件名为Pd(110)，按下Save按钮。对(1x1) CO on Pd(110)文件夹也重复此操作，但是这一次把文档的名字改为(1x1) CO on Pd(110)。 再选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。 注意保存计算结果 5．弛豫Pd(110)面 现在我们最优化Pd (110)表面。在Project Explorer的Pd (110)文件夹中打开Pd(110).xsd。从工具栏中选中CASTEP 工具，然后选择Calculation。按下More...按钮，确定Optimize Cell没有被选中。关闭对话框。 为了维持我们想要完成的计算的连贯性，我们应该更改Electronic标签中的一些设置。 选择Electronic tab标签，然后按下More...按钮。从CASTEP Electronic Options对话框中选择Basis标签，勾选上Use custom energy cut-off并且把域植从260.0改为300.0。选择k-points标签，勾选上Custom grid参数。在Mesh parameters域中，把a改到3，b改到4，c改到1。关闭对话框。 我们还应该计算此体系的态密度。 选择CASTEP Calculation对话框中的Properties标签，选中Density of states。勾选上Calculate PDOS，把k-point set改为Medium。 按下Run按钮，关闭对话框。 改为30 计算的运行会耗费一定的时间，结束后出现如下信息， Pd(110)面 优化前 Pd(110)面 优化后 从菜单栏中选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。我们现在可以构建下一组表面。 6．添加CO到1x1Pd(110)表面，优化此结构 我们要使用在(1x1) Co on Pd(110)文件中的结构来进行下面的工作。 在Project Explorer中，打开(1x1) Co on Pd(110)文件中的(1x1) CO on Pd(110).xsd。 现在在short bridge position上添加CO分子。我们要利用的依据是：CO 在 Pd(110)上的键长已经通过实验所获得。 CO在Pd(110)的yz平面上 的几何结构 右图中阴影线原子在格子中不显示：Original display mode。 第一步是添加碳原子。Pd-C键的键长（用dPd-C表示）应为1.93 ?。当我们使用Add Atom 工具时，我们即可以使用笛卡儿坐标也可以使用分数坐标，但在本例当中，我们应该使用分数坐标xC, yC, 和zC。xC, yC非常简单，xC =0，yC =0.5。尽管如此，zC比较困难。我们可以通过zPd-C 和zPd-Pd二者之间的距离来构造它。 注意，此处的Pd晶格已优化，而(110)面未优化。 (面心立方) a0 d0 1 1 2 3 4 1 2 3 4 5 6 7 8 a0 5 6 1 2 4 3 6 1 5 1 6 2 (000) zPd-P