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GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 重庆医科大学图书馆 李 轶 GenBank数据库 Nucleotide 数据库分为三个子数据库： EST :表达序列标记数据库 GSS :基因组测序序列数据库 CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列 检索限定词： 1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR] 特殊标志符的格式（核酸序列） ： 特殊标志符的格式（核酸序列） ： 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN] 3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT] GenBank记录中特性表中的主要关键词: GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较： 1. GenBank数据库的检索结果是序列及其注释信息；PubMed数据库的检索结果是与序列数据相关的文献信息 2. GenBank数据库的数据更新早于PubMed，因而GenBank数据库的检全率高于PubMed。 3. GenBank数据库可对序列数据本身进行限制检索，而PubMed数据库只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed数据库。 GenBank数据库高级检索功能 GenBank数据库高级检索功能 hepatitis b GenBank数据库高级检索功能 乙型肝炎索引 GenBank数据库高级检索功能 GenBank数据库高级检索功能 GenBank数据库高级检索功能 序列特性关键词索引 GenBank数据库高级检索功能 “ras”[GENE] GenBank数据库高级检索功能 (“ras”[GENE]) AND“sts”[Feature key] 简介 GenBank数据库 检索界面 基本检索功能 限制检索功能 高级检索功能 检索结果的显示 GenBank数据库检索结果的显示 GenBank数据库检索结果的显示 GenBank数据库检索结果的显示 GenBank数据库检索结果的显示 序列特性表 增强子 enhancer 无法用信号特性关键词描述的信号序列 misc_signal RNA转录本的剪切识别位点 polyA_signal 已识别为基因或已命名的序列区域 gene 核糖体结合位点 RBS 修饰过的核苷酸 modified_base 真核启动子的GC盒 GC_signal 包含稳定突变的序列 variation 原核启动子的Pribow盒 -10_signal 该序列对以前的版本做过修订 old_sequence 原核启动子中的-35框 -35_signal 序列不能确定的区域 unsure 真核启动子的TATA盒 TATA_signal 同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异 conflict 真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相关 CAAT_signal 序列特性无法用特性表关键词描述的序列 misc_difference 转录起始区 promoter 生物学特性无法用特性表关键词描述的序列 misc_feature 解 释 关键词 解 释 关键词 加工和修饰rRNA的小核RNA snoRNA 3’非翻译区 外显子 3’UTR exon 小核RNA snRNA 5’非翻译区 5’UTR 解 释 关键词 解 释 关键词 小细胞质RNA scRNA 前体转录本中被剪切掉的3’端序列 3’ clip 转运RNA tRNA 前体转录本中被剪切掉的5’端序列 5’clip 核糖体RNA rRNA 信使RNA mRNA RNA转录本的多聚腺苷酸化位点 polyA_site 前体RNA precursor_RNA 内含子 intron 初始转录本 prim_transcript 编码成熟肽的序列 mat_peptide 无法用RNA关键词描述的转录物或RNA产物 misc_RNA 转运蛋白编码序列 transit_peptide 双链DNA复制起始区 rep_origin 编码信号肽的序列 sig_pe