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《分子模拟方法与应用》课程心得体会 很高兴能学习《分子模拟方法与应用》这门课程,使我们接触并慢慢了解了一门全新的课程。因为大学本科为生物科学专业，比较偏向于生物机体特征理论学习，硕士也是生物工程，一直对分子模拟中的量子力学、分子力学、计算机软件模拟等没有接触过，有幸选修这门课程，才得已拓宽自己的视野，涉猎物理、化学专业领域。 在上课初期，因为分子模拟与自己专业有点距离，所以接触起来比较困难，但四位老师在此领域有比较深入的研究，讲课清晰有条理，循序渐进，课堂气氛也比较活跃，大家可以任意和老师讨论不懂得问题，交流学习心得，慢慢对课程有了比较深入的了解。 我的硕士研究课题为生物分子方面，通过构建多酶复合体大分子构建一种底物通道，而构建多酶复合体过程中，需要用一种非水解作用的支架将酶连接起来，形成一种分子复合物。若能用分子模拟的知识用软件将需要构建的分子模拟预测，形成一个比较直观的印象，则在真正实验过程中将会事半功倍。下面就是我通过上课听老师讲解，以及查阅《分子模拟基础》、《分子模拟理论与实践》在此专业领域的心得。 老师提到，分子模拟方法可以计算复杂庞大分子的稳定构象，热力学性质及广辟振动。从化学方面来讲，化学就其物质的根本组成来讲，是有电子及其原子核构成的，分子结构决定了分子性质。而量子力学与结构化学的出现，使化学研究由宏观进入微观。运用分子的结构及其原子核周围电子的运动来解释和理解物质的物理和化学性质，在量子力学的基础上发展起来的量子化学及其相关计算为我们开辟了通向微观世界的一条途径，过去只能在实验室通过化学反应和仪器设备来了解物质的结构和反映，现在通过理论化学和计算机化学计算就能了解各种化学反应变化，或预测某些分子的几何空间构型。分子模拟就是利用理论方法（模拟分子结构）去实现以往用实验才能证明的东西（性质）。 一．分子模拟的初步认识 四位老师学识渊博，专业基础坚固，首先给我们讲解了分子模拟的入门知识，分子模拟的层次，包括量子力学和分子力学以及分子动力学，然后通过查阅资料分子模拟的概念有了更清晰的认识。分子模拟是用于模拟分子或分子体系性质，定位于表述和处理基于三维结构的分子结构和性质。 分子模拟涉及量子力学、分子力学、理论化学、计算化学、计算机化学,根据基本原理的不同，分子模拟主要有量子力学模型和分子力学模型两类。量子力学研究电子运动状态，用波函数表示，运用解薛定谔方程；分子力学模型考虑核运动状态，电子运动作运动假设，用质点运动轨迹表示，运用解力学方程（经典牛顿力学方程）。 通过查阅资料可知，通过分子模拟可更全面的了解分子的性质，预测尚未合成的的化合物的性质以及最终目的的设计。分子模拟的主要优势在于可以降低实验成本、具有较高的安全性、实现通常条件下较难或无法进行的实验（例如：超低温，低于-100℃；超高压，高于100Mpa）、研究极快速的反应和变化等。 二．上课主要内容 1.量子力学与分子力学（由任老师主要讲解） 任老师以独特活跃的课堂教学首先给我们讲解分子模拟的知识，任老师不是古板教学，风趣幽默、课堂气氛活跃，主要给我们讲解了量子力学方面的内容，还有介绍了分子模拟的层次：量子力学、分子力学和分子动力学。所以我们对分子模拟有了初步的了解。 量子力学 任老师讲解中提到量子力学的分子模拟层次为电子、分子轨道,而分子力学的层次是原子。描述微观粒子运动状态的普遍规律是量子力学，在量子力学方法里，一切电子的运动状态都是用其波函数来表示。计算机技术的迅速发展使量子力学原理得以广泛应用，几乎关于分子的一切性质，都可以用量子力学计算来解决，将量子力学中的公式定义算法等编制成计算机程序，用来解决和解释化学中的问题，就形成了量子化学计算。量子力学的基本定律是波函数所满足的偏微分方程，是利用波函数来研究微观粒子的运动规律的一个物理学分支学科，它以分子中电子的非定域化为基础，一切电子的行为以其波函数表示。根据海森伯的测不准原理，量子力学可计算区间内电子出现的概率，其概率正比于波函数绝对值的平方，而欲得到电子的波函数，则需解薛定谔方程式（）。量子力学模型用电子结构理论进行相关计算，电子结构理论的任务为解薛定谔方程式，采用量子化学方法对分子进行处理。随着量子力学理论的逐步完善以及计算机的普及和计算速度、计算量的不断提升，分子模拟的理论和方法得到了快速的发展，在化学化工、材料科学、医药科学、生命科学等诸多领域发挥着越来越重要的作用。 分子力学 任老师在理论化学与物理化学背景下给我们介绍了分子、量子力学的基础概论，分子力学方法（molecular mechanics ,MM）是依据经典力学的计算方法，此种方法主要根据分子力场计算分子的各种特性，依照波恩-奥本海默近似原理，计算中将电子的运动忽略，而将系统的能量视为原子核位置的函数，。分子立场含有