生物数据库课件.ppt

输出内容 * /131 * /131 课堂练习 查找rectal cancer（直肠癌） 相关的基因 TP53（重要的肿瘤抑制基因之一）：mRNA和蛋白质数目 * /131 课后思考题：解读这一段数据 * /131 课后思考题 1，请列出至少三个国际知名生物信息中心网站、至少三个核酸数据库、至少三个蛋白数据库。 2， NCBI和EBI的序列检索系统？ 3，名词解释：GBFF格式，accession number， RefSeq 4，了解NCBI几个常见数据库。 5，学习使用entrez检索数据。【/books/NBK3836/】 6， RefSeq 中mrna序列，蛋白序列，基因组序列的检索号前缀。 * /131 * * * * * * * * /131 * /131 * /131 * /131 检索的一个例子（案例1） 许多细菌在与抗生素的对抗中发展出多种能力从而使抗生素失效，其中一个例子就是结核杆菌（mycobacterium tuberculosis），很多结核杆菌株都进化出了青霉素抗性，那么具有青霉素抗性的结核杆菌编码青霉素结合蛋白的基因在其基因组中是否发生了改变呢？ * /131 选择数据库 Penicillin-binding * /131 Entrez * /131索结果 * /131 * /131 网页右边部分 * /131 限定物种中检索 Mycobacterium tuberculosis * /131 结果 * /131 * /131 交集 * /131 旧数据 * /131 组合检索 “Mycobacterium tuberculosis”[ORGN] AND “penicillin-binding” * /131索结果 * /131 /sites/batchentrez * /131 /genomes/FLU/FLU.html * /131 * /131 * /131 * /131 课后练习 通过流感病毒资源库了解H1N1病毒。 * /131 其他重要数据库 OMIM 孟德尔遗传信息数据库 /omim CGAP The Cancer Genome Anatomy Project 肿瘤基因组图谱知识库 /projects/CGAP/ 美国国立癌症研究所为解剖肿瘤细胞分子而建立。 基因组数据库Genomes 人类基因组资源整合体系/genome/guide/human 流感病毒资源库 /genomes/FLU/FLU.html * /131 序列提交 1、研究产生的新序列，需要递交到公共数据库保存。 2、需要撰写论文发表新序列时，需要数据库Accesion number。 * /131 WEB提交工具： 1、NCBI Bankit 2、EBI WEBIN 3、DDBJ SAKURA 离线提交： NCBI： Sequin * /131 Bankit ： 使用简单，每个步骤有详细说明。但一次只能提交一个序列，长度不能太长。 Sequin： 安装在用户自己的计算机上，可同时递交若干序列和较长序列，而且整合了许多有用的序列注释工具。 * /131 BioMart的应用（案例2） 获取人类基因组所有基因的3’端非翻译区序列。 Mirna靶标预测的时候需要用到该数据。 * /131 选择数据库 * /131 选择数据库 * /131 * /131 过滤条件 * /131 locus name 长度 分子类型 分类码 修改时间 * /131 GenBank 分类码 * /131 DEFINITION行 该行主要对GenBank记录所包含的生物学意义作出总结。 * /131 检索号 登录号或检索号 * /131 /Sequin/acc.html * /131 VERSION 在数据库中，如果某条序列数据发生了变化，即使是单碱基的改变，它的版本号也将增加，同时得到一个新的GI号，而检索号保持不变。 * /131 GI Sequence identification number * /131 关键词 * /131 SOURCE * /131 Reference * /131 * /131 第二部分：FEATURES（特性表） 它描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。 * /131 FEATURES 这一部分描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。 特性表格式是按表单的方式设计的，包含3个主要部分。第一，特性关键词；第二，特性位置；第三，限定词，相关特性的辅