Bcl2蛋白与BclzL蛋白活性腔比较和底物选择性.pdf

中国科协第四届优秀博士生学术年会论文集’ Bcl．2蛋白与Bcl．XL蛋白活性腔比较和底物选择性 郑灿辉周有骏朱驹 第二军医大学药学院药物化擘教研室，上海，200433 摘要Bcl．2蛋白与Bcl—XL蛋白是Bcl．2蛋白家族抗凋亡亚家族最主要的两个成员，是目前抗 肿瘤药物研究很具前景的新靶点．两者具有类似的结构和功能，但也在很多方面存在差异， 如高表达的肿瘤谱有所不同；与其他抗凋亡亚家族成员的结合具有一定的选择，／i；在不同凋 亡刺激下对细胞的保护作用也有较大差异等。本丈通过对两者的氨基酸序列联配和活性腔结 构比较，表面静电性质的计算和比较，及对几类选择性底物结合模式的研究，明确了它们活 性腔特性的主要差异所在及对底物选择性的影响．研究结果为理解Bcl．2蛋白与Bcl．X1．蛋白 功能差异的分子机制及设计合成具有良好选择性的小分子抑制剂打下了坚实基础。 关键词 药物化学；Bcl-2蛋白家族；表面静电势；分子对接 Bcl-2蛋白家族在细胞凋亡通路起重要的调节作用。抗凋亡亚家族成员的过度表达是肿瘤产生及发生 耐药的重要原因之一。因此通过干扰其与促凋亡亚家族成员结合而发挥作用，将促进肿瘤细胞的凋亡，是 抗肿瘤治疗的新策略【l2】。 Bcl．2蛋白与Bcl．xL蛋白是抗凋亡亚家族最主要的两个成员，两者具有类似的结构和功能，但也在很 多方面存在差异，如：二者高表达的肿瘤谱有所不同‘31；二者与线粒体外膜的结合方式不l司t4．sj；在不同凋 亡刺激下，二者对细胞的保护作用有较大差异16,7,81；二者在体内与其他抗凋亡亚家族成员的结合也具有一 定的选择性限101。然而，存在这些差异的分子机制及结构因素尚未非常清楚。大部分现有的抗肿瘤Bcl一2 蛋白抑制剂对二者也缺乏好的选择性。因此，阐明存在差异的分子机制，尤其是二者蛋白的结构差异因素， 对于设计高选择性的小分子蛋白抑制剂，研制高效、低毒的抗肿瘤药物1111具有重要意义。 本文首先通过对两者活性腔的氨基酸序列和结构的比较及表面静电性质的计算和比较，明确它们活性 腔特性的主要差异所在；而后通过几类具体的底物结合模式的研究进一步明确上述活性腔特性的差异对底 物选择性的影响。本研究结果为理解Bcl-2蛋白与Bcl—xL蛋白功能差异的分子机制及设计合成具有良好选 择性的小分子抑制剂打下了坚实基础。 1材料与方法 数据库中获取。本文采用的结构1GJHtl21，1LXL[1 protein 完成。 1．1序列联配 Blosum62和合适的插入罚分和空位延伸罚分值，并根据已知的经验知识对联配结果进行手工调整。 生物技术 1．2蛋白结构的简单优化与叠台 以L从PDB数据库直接获取的结构中存在一定的不合理碰撞和张力．用于进一步研究前我们先对它 们进行简单的分子力学能量优化。能晨优化在SYBYL中采用逐步放开的策略进行，最终优化至能量梯度 收敛十41 lj蛋白表面静电性质的计算 蛋白静电势采用Delphi程序进行。体系tp溶液的离子强度设为0 145．以模拟生理pH值下的环境。 蛋白质内部的介电常数设为2，其外部溶剂的介电常数设为80。训算时通过有限莘分近似柬求解非线性 曼常数，T为绝对温度，e为电子电荷)。 1．4 Bel·2高选择性抑制剂的柔性对接研究 链设为可自由移动，我们咀前发现的活性腔中在结台底物时能发生显著诱导契台部分1191的骨架原子也被设 定可咀在一定的限定下发生移动。对接时粟用了Affinity程序提供的溶剂化格点来考虑溶剂效应㈣。采用 蒙特卡罗方法搜寻抑4』剂在活性腔内的取向空问．如果得到的酶底物复合物的能量在预设置的容许值内则 进行优化。得到的复台物结构模型能量如果在上一个结果能量的预设范围内，且与之比较RMSD太于I 则接受。将接受的结构模型进行分子动力学模拟退火，是后优化至收敛。 2结果与讨论 2．1 Bd·2与Bcl-儿序列联配与活性胜结构比较的结果与讨论 与II．XL，得到的结果如图2(主要显示活性腔部分)。 1 ⅡI