autok-vina技巧.ppt

生物计算事业部 Department of Computational Biology /s/blog_62db9b190101ne54.html PMV菜单：主要通过使用菜单命令对分子进行相关的操作，以及进行可视化设置； PMV工具栏：PMV菜单中一些常用命令的快捷按钮； ADT菜单：AutoGrid和AutoDock的图形化操作菜单； 分子显示窗口：3D模型分子的显示和操作窗口； 仪表板窗口部件：快速查看及设置分子的显示模型以及着色方式； 信息栏：显示相关操作信息。 张丽杰 北京市计算中心 zhanglj@ AutoDock-Vina 提纲： 一、AutoDock-Vina介绍 二、Vina安装 三、对接准备及操作 四、生成晶格文件 五、分子对接 六、对接结果分析 一、AutoDock-Vina介绍 Autodock Vina，它是继Scripps实验室的Autodock4对接程序之后由Oleg Trott等人推出的使用新的打分函数、预测准确率更高并支持并行化的更高效易用的对接程序。它的使用方法和Autodock 4类似，只是少了调用AutoGrid程序（原Autodock 4 中需要用到）这一步。 Vina是一个命令行程序，它可以和Autodock Tools配合使用，因为Autodock Tools提供了一个GUI界面接口，但是同时，我们也可以在Windows的命令提示符程序或Linux或是Mac的终端中执行这个程序。 安装软件选择autodock_vina_1_1_2_win32.exe, 安装过程中软件初始位置及安装路径均不能含有中文 二、Vina安装 注意安装路径！ 环境变量的设置： 在“计算机-属性-高级系统设置”中打开“环境变量”设置： 二、Vina安装 （2）环境变量的设置 将autodock的路径添加到环境变量中，64位系统默认的安装路径为：C:\Program Files(x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6，并在dos中测试程序是否能够正常运行 一、软件安装 （3）mgltools的安装 一、软件安装 （3）mgltools的安装 安装成功后会出现下面的界面 一、软件安装 二、ADT介绍 三、对接准备及操作 本练习以HIV蛋白1HSG.pdb及其生物活性抑制剂ind.pdb作为实例进行分子对接演示： （1）将默认的工作路径调整到当前操作的文件夹下（便于程序的运行）在File-Preferences-set中设置 （2）准备受体分子 在“File-Read Molecule”中加载1hsg.pdb文件 三、对接准备及操作 删除受体中的水分子，在PMV菜单中选择select-select from string,并在弹出的对话框中输入下面的参数，并选择edit-delete-delete selected atoms 三、对接准备及操作 （3） 受体中添加H原子并保存受体分子 在PMV菜单中选择Edit-Hydrogens-Add 三、对接准备及操作 （4）准备配体分子 隐藏受体分子在PMV菜单中选择display- show/ hide molecule”,在弹出的对话框中隐藏受体分子。 在ADT菜单栏中选择ligand-input-open,加载配体文件ind.pdb，弹出的警告点击确定即可。 三、对接准备及操作 （4）准备配体分子 在Ligand-Torsion Tree-Choose Torsions中可以设置配体中可以旋转的键。同时指定在活动键时需要移动的最少的原子数目为6, 在Ligand-Torsion Tree-Set Number of Active Torsions“中设置。 三、对接准备及操作 （5）将配体文件保存为pdbqt文件 在ADT菜单中选择Ligand-Output-Save as PDBQT 文件名称命名为ind.pdbqt。 （6）准备受体中的柔性残基文件 在ADT菜单中选择Flexible Residues-Input- Choose Macromolecule 选择1hsg作为设置柔性残基的大分子，然后在PMV菜单中选择Select-Select From String 将ARG8作为需要编辑的残基。 三、对接准备及操作 （6）准备受体中的柔性残基文件 在ADT菜单中选择Flexible Residues-Choose Torsions in Currently selected Residues选项，将两个残基中CA，CB之间的键设置为非扭转的（non-rotatable，紫色），这样两个残基中共有6个可