基于GridMol的等密度图算法实现与应用.pdfVIP

科研信息化技 与应用 2012，3(5)：55—60 · 应用 ／APPLICATION · 基于 GridMol的等密度图算法实现 与应用 底杏杏 ，陈建华 ，刘倩’，金钟’ 1．中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心，北京 100190 2．中国科学院大学，北京 100049 摘 要： 等密度图是由一系列密度相同的点所构成的面，它在高分子材料研究领域应用广泛。本文介绍了 基于高性能计算化学系统 (SCChem)的GridMol程序 中等密度图显示功能的实现。应用Marching Cubes算法实现，并采用法向量均值的方法进行优化，在SCChem应用系统中进行测试，取得了较 好 的测试结果。 关键词： 高分子材料；等密度图；GridMol；移动立方体法；均值法向量 Algorithm ImplementationandApplicationofGridM ol--based IsodensityM ap DiXingxing ，ChenJianhua ，LiuQian，JinZhong 1．SupercomputingCenter，ComputerNetworkInformationCenter，ChineseAcademyofSciences，Bejiing100190，China 2．UniversityofChineseAcademyofSciences，Beijing100049，China Abstract： IsodensitymapIScomposedofaseriesofdotswiththesamedensity．ItiScommonlyusedinthefieldof macromolecularmaterials．Inthispaper,wepresenttheimplementationofisodensitymapinGridMol whichisbasedonhtehighperformancecomputingchemicalsystem namedSCChem．Firstly,wecompleted theprogramminginMarchingCubesalgorithm．Thenweusetheaverageofthenormalvectorstooptimize it．WemadeatestintheSCChernapplicationsystem andhadachievedagoodtestresult． Keywords：Macromolecularmaterial；Isodensiyt；GridMol；Marchingcubes；Meanvector 基金项目：国家高技术研究发展计划 (863计划)(2006AA01A119，2009AA01A130)；CNIC青年基金项 目(CNIC _ QN_1205) 科研信息化技术与应用，2012，3(5) 1 概述 GridMol系统基于Java和Java3DAPI开发，具 有高度的可扩展性和跨平台性。同时GridMol既可 高分子材料 (MacromolecularMaterial1是以高分 作为一般的单机应用程序使用，也可作为applet部署 子化合物为基础的材料…，是现代工业和高新技术的 在web服务器上然后通过浏览器供用户访问使用 。 重要基石，已经成为国民经济基础产业以及国家安全 不可或缺 的重要保证。现代 ，高分子材料 已与金属 1．2 密度图简介 材料、无机非金属材料相同，成为科学技术、经济 等密度图也称作Isodensity图，是空间中所有具有 建设中的重要材料。因此，对高分子材料的研究显得 某个相同密度值的点的集合，它可以表示成： 尤为