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Re:【求助】DIGE相关问题 Chrislh 2006-12-16 13:50 DIGE中要设内标就是为了消除系统误差和实验操作者所带来的误差.原理:内标中含有所有样品且每张胶上都会有同样的内标,这样理论上来说内标在所有胶上跑出的图应该是一样的,但是由于在实际操作中存在一些误差:如胶的聚合不同,每次的上样量也会有出入,,加上仪器本身的误差等等会使得你的内标在所有胶上并不完全一致,这样,在没有内标的情况下,你单纯比较两种荧光所得出的差异点,可能有一些并不是因为处理造成的差异导致的,而是因为上述这些原因,这就大大减低了你的点的检出的有效程度.而有了内标,它会把所有的内标跑出的胶归一化(因为理论上它们应该是一致的),选出其中点最多的一张胶做为Master胶,其他的内标的相应的点都和这个Master胶相应的点比较,得到一个丰度比值,然后胶内的其他两种样品的点再和这张胶内的内标的相应点进行比较,得出另外一个丰度比值,后面这个比值就可以直接拿来进行比较了.(因为一张胶内的操作以及所处环境:如电泳缓冲液的浓度 二向电泳的时间,胶背景的深度等是完全一致的.)另外,DIGE区别于常规双向电泳的精髓就是内标,如果做 DIGE不用内标,就和银染是一样的.(他们的灵敏度是一样的.) 呵呵，讨论的挺热烈的哈...补充一句：DIGE的精髓在于它引入的“内标”以及后续配套的“DeCyder”分析软件。先是引入内标，消除系统误差，同一块胶上的两个不同样品都和内标进行比较，从而消除系统误差。利用的是DeCder软件中的DIA部分。接下来是所有不同批次的胶中的内标进行归一化（normalization）后，消除胶跟胶之间的系统误差。利用的是DeCder软件中的BVA部分。另，DeCder的确是个好东西，有个批处理（Batch processor），将你扫描的胶图输入进去之后，完全放手交给他就ok了。但不可忽略的一点就是：DIGE狂贵！就像买车和开车一样，买的起车（Typhoon）未必养的起（CyDye）... 渡梓厄 丁香园准中级站友 发贴: 410 积分: 100 得票: 2 状态: 离线 2004-11-17 03:37 附上DIGE工作路线图示： （缩略图，点击图片链接看原图） 2007-08-15 09:36 本人天天做DIGE，1、取samples:分别取病1normal、病1cancer、病2normal、病2cancer.2、按相同的重量取以上4样品混合，分成2份作为内标。3、分别用GE的cy2标内标1、内标2，cy3标normal1、normal2,cy5标cancer1、cancer24、分别混合内1、normal1、cancer2/内2、normal2、cancer1成两组5、以上每组run one gel.thans all.good luck.Hi popow:1、我们比较不仅仅在一块胶，假如你有4 normal and 4 cancer,control is all samples pooled, all normals are labelled with cy3,and all cancers are labelled with cy5.2.make 4 group,group 1 include control、n1、c3;g2 include conrtol、n2、c1；g3 is control、n3、c4;g4 is conrol 、n4、c2.3.each group run one gel.4.scan each gel.5.images aare analysised by DeCyder(GE) or samespot(nonlinear Co.) software.最后数据分析时，取n1 n2 n3 n4为一组normal group，c1c2c3c4为一组cancer group，然后是NG and CG组与组之间的方差分析6.另外，以上分组方法很随意，只要保证每块胶上有CY2 CY3 CY5就行，例如以上举例可以分一组为control-cy2,c3-cy3,n1-cy5.这样交叉分组有利于消除胶与胶之间的误差。7.最后，你的N和C不是同一人的，没问题。最好采取CY3 CY5的交叉标记，消除胶胶之间的系统误差。写的比较乱，希望你能理解。GOOD LUCK!2004-07-21 00:14 由michael 战友上传并编写其简介！资料已转移至:老赵一号航母:/基础医学区/蛋白质技术专业组/pub/ 人物介绍：贺福初老师，中国蛋白质组学绝对的number 1毕业于复旦大学生物系，1985年在军事医学科