生物信息学十ACEDB个基因组信息的数据库.docVIP

第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 ACEDB的一般特点 ACEDB(一种线虫C.elegans)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它是在1991年由Richard Durbin和Jean Thierry-Mieg首先提供的，他们发展它来支持和整理C.elegans1和2条。后续的程序由Durbin和Thierry-Mieg编制和完善，还有许多其他人参与了代码的编制。这一时期，ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]。软件对于“非基因组”信息的计划仍然有效，诸如，民族植物学的数据、基因命名法、具体的文献等[4，5]。准确估计基于ACEDB资源的出版物很困难，1997年春的保守估计[3]是25-30种。 ACEDB由于它的一些特性而流行起来。该软件是免费的，并且可运行在Unix和Macintosh OS系统下，Windows版本马上就会推出。数据库以丰富的图形界面提供信息，包括有具体显示的基因图谱，物理图谱，新陈代谢的途径和序列等。界面依靠相关信息的超级文本连接，并可由鼠标方便的完成操作。数据用流行的对象的形式进行组织，使用大家熟悉的类别如，相关的文献，基因，描述，和克隆的DNA等。也许最重要的是,ACEDB能很容易的由于新信息而被重新设定.简单的图解语言和快速数据装载的周期使ACEDB适合一个”(throwaway)”数据库的建立,他可用于专用的数据分析,还可用于许多永久性数据的采集,而且使用者不需要经过专门的计算机和数据库的训练就可以使用ACEDB。对于资源有限的计划，这往往是决定使用ACEDB的关键因素。 ACEDB作为序列数据的管理工具来介绍，而不是当作一种提供数据的方法。这里并不是把ACEDB的每一部分都专门的介绍，而是主要集中在：ACEDB的早期的数据采集的作用，和主要面向内部使用者的注释的过程。现在使用ACEDB来管理序列数据和用于其他计划的有：剑桥大学的Sanger（英国），华盛顿大学的基因组中心，克罗拉多大学(Colorado State University)的 Aedes aegypti基因组计划， Massachusetts General Arabidopsis物理图谱计划，和 Walter和 Eliza Hall研究院(WEHL)的疟疾基因组计划。 ACEDB本身是基于Unix系统开发的，并当作X-window的应用程序被首次展示出来的。现在，许多用户可通过万维网（World Wide Web）登陆到公共数据服务器上来使用它。将来，很可能由Java语言或其他网络语言编写的有人们更熟悉界面的ACEDB将出现。但本章主要介绍X-window版本（Xace 4,3）及与它相关的特性。 以下简写代表鼠标操作。 LM：鼠标左键 MM：鼠标中键 RM：鼠标右键 ACEDB用户通过浏览超文本连接的文件来交互的操作ACEDB。这种浏览方式的界面如图13.1。这是从Grain Gene（一个用于Triticeae的数据库）吸取来的包含有多个ACEDB窗口的阻合窗口。这些窗口是一系列鼠标操作产生的，如用户定位两种不同的信息内容。ACEDB的主窗口是位于图中左上的窗口，它在软件开始时就显示出来。其中列有数据类型用于查阅。点击Reference类型（双击LM）打开一个KeySet窗口，其中列出了许多Reference类型的成员，这些成员被称为对象。点击一个reference对象，如BCG-28-487，则打开了第三个窗口（右下窗口）显示文献的细节，如作者，题目等。点击任何粗体字都可打开相应的窗口。 13.1 图13.1还包括一个遗传图谱（左下）。这是在reference窗口下，点击locus下的iBgl弹出的。这是众多的用图形形式描述数据的方式中的一种。图中的locus标记也是超文本连接的，可通过点击（LM）把它击活。文本窗口中遗传图谱下的数据是可视的，就象在reference窗口中一样。在这种情况下，如果有适当的数据和图形，数据库管理员就把locus标记设置成缺省值，使它显示遗传图谱。 ACEDB还有一些在线的教育。这里特别推荐在Sydney的澳大利亚遗传信息中心的Bruno Gaeta提供的一个[7]。Cornell大学的Dave.Matthecos正准备提供一个关于遗传图谱显示的教育内容[8]。后文还将更详细的介绍序列显示的特点。 ACEDB的核心部分是“数据模型”（或图形），这将决定数据库中的数据是如何组织的。各个模型可由简练的语言加以解释，这由数据库管理员来定义。各类数据可由如sequence，gene，reference等类型来表示。各模型以如图13.2的形式保存在名为models.wrm的文本文件中，它存在数据库的wspec目录下。在文本框中，设定显示数据的模型有很强的