临床研究大样本芯片数据分析亚洲人乳腺癌差异表达基因及可能信号通路.pdfVIP

乳腺癌是全世界女性最常见的恶性肿瘤之一。据 最新统计，全球每年新增乳腺癌患者约138万（占所有 癌症新增病例的23%），超过45万妇女死于乳腺癌［1］。 与西方女性相比，亚洲女性具有乳腺癌发病率较低［1］，但 发病年龄相对年轻［2-4］的特点。美国SEER数据库资料 显示，亚裔移民的乳腺癌发病率为84.7/10万，远远高于 亚洲女性乳腺癌发病率水平；但与白人妇女乳腺癌发病 率（127.3/10万）相比，又存在较大差距。而且，与白人妇 女相比，亚裔移民的乳腺癌死亡率和5年生存率均有明 显不同［1, 5］。这些特点提示，乳腺癌在不同地区、不同种 族之间可能存在肿瘤生物学因素的差异。基因芯片又 称DNA微阵列（DNA microarray），自1995年由Patrick 设计成功后［6］，已发展成为当前生命科学领域研究中最 重要的技术之一。随着人类基因组计划完成［7-8］，生命科 学领域研究进入“后基因组时代”，基因芯片技术因其高 通量的特点在基因表达分析、疾病诊断治疗及新药研发 等方面成为了一种强有力的工具。目前，基因芯片技术 的广泛应用，网络公共数据库中与日俱增的基因芯片表 达谱数据可提供海量的生物学数据，这为我们进行亚洲 人乳腺癌基因表达情况的综合分析提供了可能。同时， 多基因的异常表达是乳腺癌发生和进展的最主要的生 Differentially expressed genes and potential signaling pathway in Asian people with breast cancer by preliminary analysis of a large sample of the microarray data CHEN Lujia1, YE Changsheng1, HUANG Zhongxi2, LI Xin2, YAO Guangyu1, LIU Minfeng1, HU Xiaolei1, DONG Jianyu1, GUO Zhaoze1 1Department of Breast Medical Oncology, Nanfang Hospital, 2Cancer Institute, Southern Medical University, Guangzhou 510515, China 摘要：目的 初步分析亚洲人乳腺癌差异表达基因及可能涉及的信号通路。方法 从GEO数据库下载5套亚洲人乳腺癌基因芯 片数据集（GSE6367、GSE9309、GSE15852、GSE33447和GSE45255），共获得318例乳腺癌和60例正常乳腺组织的基因表达谱 数据，进行基因差异表达谱和信号通路分析，并用荧光定量PCR法检测32对乳腺癌患者癌和癌旁标本，验证其中部分基因的差 异表达。结果 大样本芯片数据分析显示，436个基因在乳腺癌组织出现差异表达，其中上调的有259个，下调的有177个。 Pathway分析发现代谢相关的信号通路可能参与了亚洲人乳腺癌发生发展过程。经荧光定量PCR验证，KRT19、ADIPOQ、 CFD、RBP4、LPL、ABCA8、CD36基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论 本研究比较完整地揭示了亚洲人乳腺癌基因 差异表达谱特征和所涉及的重要信号通路，其中CD36基因可能与亚洲人乳腺癌发病密切相关，ABCA8基因可能是亚洲人乳腺 癌新的致病基因。 关键词：乳腺癌；亚洲人；基因差异表达谱 Abstract: Objective To screen differentially expressed genes and identify potential signaling pathway in Asian people with breast cancer. Methods Five gene microarray datasets of Asian people with breast cancer, GSE6367, GSE9309, GSE15852, GSE33447 and GSE45255, were downloaded from GEO. Microarrays with 318 breast cancer and 60 normal breast tissues were used for analysis of differentially expressed genes and pathway. 32 pairs of breast cancer patients specimens were used to validate the differentially expressed genes by real-time PCR. Results An