上海超算操作及脚本.docxVIP

上海超算中心castep任务正好赶上周末，技术人员不上班，只能自己摸索学习，记录一下整个操作过程，留待以后使用参考。使用了四天了，其中遇到了很多困难，得到了工程师很大的帮助！在此谢谢上海超算提供的计算资源！操作步骤：1.网页登陆（教育网，网通，电信等网络的地址不同），输入VPN用户名和密码2.主机应用，开始VPN客户端3.运行FTP软件（工程师提供的免安装版8uftp.exe），地址为：192.168.235.XX，用户名和密码为主机账号和密码4.运行putty软件（免安装），IP：192.168.235.XX，Connection type为Telnet，Saved Sessions下输入inode01，点击Save，会在Default Settings下新建inode01，最后Open5.在linux登陆界面输入主机账号和密码，即可进行字符操作6.新建一个工作目录（例如job1，job2等），命令为mkdir job17.将计算需要的文件*.cell，*.param和所需的赝势文件（*.cell中最后有列表）上传到对应的工作文件目录，并把主目录下的RunMS60.sh和subMS60复制到各个工作目录下，命令为cp RunMS60.sh job18.重点修改各个工作目录下的subMS60，修改时必须使用vi命令编译，如果是在windows系统下用文档编辑的subMS60，那么上传之后必须设置可执行权限：chmod +x subMS60，有时还需要转换成unix格式：dos2unix subMS60。具体修改内容见下文9.修改后，在工作目录下运行命令 bsub -J GeometryOptimination(不是必须的，只是为了区分工作） ./subMS6010.bjobs命令查看任务状态（RUN为运行，queue为排队等待）? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 计算及相关的准备工作1)．打开MS软件，并在Castep Calculation对话框中设置好所有的计算参数，然后从下方的“Files | SaveFiles”中将参数保存下来图12)．使用Windows资源管理器，打开MS计算目录。假如在打开MS软件时，选择Crate a new project，并在D:\MS目录中生成了名称为test的新任务，那么计算目录就在D:\MS\testfiles\Documents目录中。?在该目录中，保存有Castep所需的计算文件.cell和.param文件。对于隐藏的.cell文件，需要从Windows资源管理器的“工具?|?文件夹选项”，选择“查看”，并将“隐藏已知文件类型的扩展名”前的勾去掉来显示文件扩展名，同时，要选择“显示所有文件和文件夹”。确定后，将能够看到该目录下的.cell文件。注：关于1）和2)，MS的教程中有详细的讲解。图23)．使用任意文本编辑器打开.cell文件，在文件的最后部分将能够看到Castep计算所需要的赝势文件，例如：%BLOCK SPECIES_POTB B_00.recpotN N_00.recpot%ENDBLOCK SPECIES_POT此时，需要找到这些文件，对于MS4.3以后版本，该文件的路径为：MS安装目录\share\Resources\Quantum\Castep\Potentials，早期版本在MS安装目录? \Resources\Quantum\Castep\Potentials下。?4)．将计算所需的.cell、.param和赝势文件上传到魔方机器工作目录下，并将计算所需的RunCASTEP.sh和subCASTEP文件也拷贝到工作目录下。此时，需要打开subCASTEP并修改APP_NAME、NP、filesurname部分。?其中，APP_NAME是队列名称，在B区有snode和score两个队列可供使用，两者的区别在于snode队列所需CPU必须是16的整数倍，而score则无此限制。NP表示的是所需要的CPU总数，对于snode队列该数值必须是16的整数倍；而score则无此限制。filename是文件名称，也就是xxxx.cell文件的前半部分，不包括.cell后缀名。修改完成后需要按照以下方式提交计算作业：bsub –J JobName ./subCASTEP在这里，?-J JobName是任务名称，主要用于区别该任务，可不填写。./subCASTEP为当前路径下的subCASTEP路径，不要忘记”./”。?5)．需要注意的是，由于MS软件设置的问题，在Castep计算中，若选择了相应的性质，诸如BandStrucutre或者DOS，程序会自动生成x